Go-Daigo wurde 1318 Kaiser, als er 30 Jahre alt war. Dies war für die damalige Zeit nicht üblich. Gewöhnlich wurden kleine Jungen zum Kaiser gemacht. Als sie erwachsene Männer wurden, gingen sie in religiöse Gemeinschaften für Männer, wo sie eine Regierung errichteten und regierten, obwohl sie im Kloster blieben. Ein neuer Junge aus der kaiserlichen Familie wurde auf den Thron gesetzt. Dieses System, bei dem ein Junge öffentlich auf dem Thron sitzt und ein "ehemaliger" Kaiser aus einem Kloster regiert, wurde klösterliche Herrschaft oder insei genannt.
Go-Daigo wollte Japan selbst regieren. Die Bakufu-Regierung war schwach, weil sie nicht in der Lage gewesen war, ihre Krieger zu belohnen. Als die Mongolen einmarschierten, brachten die Bakufu eine Armee mit und hielten sie von einer Invasion ab. Aber der übliche Weg, Krieger zu belohnen, bestand darin, ihnen das Land und die Schätze des besiegten Feindes zu geben. Da die Mongolen Invasoren waren, hatten sie kein Land, das die Shogune ihren Kriegern geben konnten. Das machte die Krieger unzufrieden mit den Shogunen. Go-Daigo begann im Stillen eine Armee aufzustellen, um die Bakufu zu besiegen und die Kontrolle über Japan zu übernehmen, aber man fand ihn heraus. Der Shogun erwischte ihn und sperrte ihn auf den Oki-Inseln ein.
Die Anhänger von Go-Daigo kämpften für ihn, während er auf den Oki-Inseln war. Einer der Generäle des Shoguns, Ashikaga Takauji, wechselte die Seite. Die Seite von Go-Daigo gewann, und Go-Daigo regierte. Seine Herrschaft wird die Kemmu-Restauration genannt.
Go-Daigo belohnte Ashikaga Takauji nicht mit einem hohen Rang, sondern nur mit dem Rang eines Beraters. Auch viele seiner anderen Unterstützer belohnte er nicht. Im Jahr 1335 erklärte sich Takauji zum Shogun und rebellierte. Takauji und seine Armee nahmen Kyoto ein und stellten dort einen von Go-Daigos Verwandten als Kaiser auf. Go-Daigo floh aus Kyoto und errichtete südlich von Nara einen Hof. Go-Daigos Gericht entschied nur über das Land in der Nähe. Viele Jahre lang gab es also zwei Männer, die sagten, sie seien Kaiser von Japan.
