John Francis Kelly (geboren am 11. Mai 1950) ist ein General des Marinekorps der Vereinigten Staaten im Ruhestand. Vom 31. Juli 2017 bis zum 2. Januar 2019 war er Stabschef im 28. Weißen Haus. Kelly war der 5. Heimatschutzminister der Vereinigten Staaten und diente von Januar bis Juli 2017.

Er ist der ehemalige Kommandeur des Südkommandos der Vereinigten Staaten (USSOUTHCOM). Zuletzt diente Kelly von Februar 2008 bis Februar 2009 als kommandierender General der Multinationalen Streitkräfte-West im Irak und im Oktober 2009 als Kommandeur der Reserve der Marinestreitkräfte und der Marinestreitkräfte Nord.