In der Neon Genesis Evangelion New Theatrical Version (auch bekannt als Rebuild of Evangelion) spielt Kaworu eine etwas größere Rolle. Er erscheint erstmals gegen Ende der Version 1.0: Sie sind (nicht) allein und wachen in einem Sarg auf dem Mond auf. Dann steht er auf und schaut zur Erde und kommentiert, dass "der Dritte sich nicht verändert hat", und dass er sich darauf freut, ihn zu treffen (Shinji Ikari).
In 2.0: Man kann (nicht) vorrücken, Gendo Ikari und Kozo Fuyutsuki besuchen die Mondbasis von Seele, um den Bau von Einheit 06 zu beobachten, und sehen Kaworu auf dem Finger von Einheit 06 sitzen, nur mit Hosen bekleidet. Kaworu scheint Gendo mit "Vater" anzusprechen, obwohl nicht bekannt ist, ob er es wörtlich oder metaphorisch meinte. Kaworu ist auch kurz dabei zu sehen, wie er einen Plugsuit anzieht, der noch auf dem Mond ist, während sich Mari Illustrious Makinami bereit macht, gegen Zeruel an der Geofront zu kämpfen. Sein letzter Auftritt in 2.0 findet ganz am Ende des Films statt, nachdem der Abspann läuft. Was vermutlich eine Lanze des Longinus ist, wird auf die Erde geschleudert und spießt schließlich Einheit 01 auf, wodurch Third Impact aufgehalten wird. Dann sieht man Kaworu in Einheit 06 auf die Erde herabsteigen, mit einem untypisch wütenden Gesichtsausdruck. Er verspricht, dass er diesmal Shinji Glück bringen wird.
Im nächsten Film, 3.0: Man kann (nicht) neu machen, Kaworu spielt eine viel größere Rolle. Als Asuka und Shinji in Einheit 01 auf die Erde fallen, sagt Kaworu, dass er auf Shinji gewartet hat. Als nächstes sieht man ihn im Nerv-Hauptquartier Klavier spielen, nachdem Shinji von Einheit 00 dorthin gebracht wurde. Shinjis Vater informiert Shinji später, dass er neben Kaworu (ohne Kaworus Namen zu sagen) Kopilot einer neuen Evangelionseinheit, Einheit 13, werden soll. Kaworu ruft dann nach Shinji und bittet ihn, Klavier zu spielen. Er zögert zunächst, aber unter Kaworus Führung sind die beiden in der Lage, trotz Shinjis Behauptung, er könne nicht spielen, ein Duett in ruhiger und schöner Weise zusammen zu spielen. Kaworu stellt sich vor und sagt ihm, dass beide Kinder durch das Schicksal gebunden sind. Kaworu und Shinji spielen weiterhin zusammen Klavier (was ihnen indirekt hilft, sich zu synchronisieren, um Einheit 13 später gemeinsam zu aktivieren) und sehen sich als Freunde, wobei Kaworu kommentiert, dass er "wirklich geboren wurde, um ihn zu treffen" - ein fast exaktes Zitat aus seiner Rolle in der Originalserie. Als Shinji seine Furcht über das ausdrückt, was in den 14 Jahren seines Verschwindens geschah, zeigt Kaworu ihm die Zerstörung des Beinahe-Dritt-Einschlags und betont, dass das alles von Shinji verursacht wurde, versichert ihm aber auch, dass "es immer Hoffnung gibt", und sagt Shinji später, dass sie zusammen alles mit den beiden Speeren im Zentralen Dogma in Ordnung bringen können.
Bevor er Einheit 13 steuert, entfernt Kaworu das DSS-Kropfband von Shinji's Hals und legt es ihm selbst auf, so dass Shinji nicht den Tod fürchten muss, während sie Einheit 13 aktivieren. Nachdem er zum Zentralen Dogma hinabgestiegen ist, um die Speere zu holen, merkt Kaworu jedoch, dass etwas nicht stimmt. Er drängt Shinji, die Speere nicht zu nehmen, aber Shinji schaltet die Steuerung ab und entfernt sie trotzdem. Kurz darauf beginnt der vierte Aufprall und Einheit 13 erwacht. Das DSS-Kropfband beginnt sich zu aktivieren, und Shinji wird zur Verzweiflung getrieben mit dem Wissen, dass er den vierten Aufprall verursacht hat und dass Kaworu, zu diesem Zeitpunkt vielleicht sein einziger Freund, kurz vor dem Tod steht.
Trotz allem behauptet Kaworu, dass er es war, der den vierten Aufprall ausgelöst hat, weil er der 13. Bevor er stirbt, entschuldigt sich Kaworu bei Shinji, dass er ihm kein Glück bringen konnte, und verspricht, dass sie sich wiedersehen werden. Dann detoniert das Halsband und hinterlässt Shinji fast komatös, ähnlich wie sein Zustand zu Beginn von "Ende des Evangeliums".
