Von 1826 bis 1840 leitete Knox die Anatomieschule von Barclay am Surgeon's Square in Edinburgh. Er war der beliebteste Dozent für Anatomie in Schottland, aber seiner Klasse fehlten immer wieder Leichen zum Sezieren.
Bevor das Anatomiegesetz von 1832 die Versorgung erweiterte, waren die einzigen legalen Lieferungen von Leichen für anatomische Zwecke im Vereinigten Königreich diejenigen, die von den Gerichten zum Tode und zur Sezierung verurteilt wurden. Dies führte zu einem Mangel an legitimen Subjekten für die Sezierung. Der Mangel verschärfte sich, als der Bedarf an der Ausbildung von Medizinstudenten wuchs und die Zahl der Hinrichtungen zurückging.
In seiner Schule war Knox von Anfang an mit dem Problem konfrontiert, da die Royal Colleges nach 1815 das Studium der Anatomie im medizinischen Lehrplan verstärkt hatten. Unterrichtete er nach der so genannten "französischen Methode", hätte sich das Verhältnis einer Leiche pro Schüler nähern müssen. Infolgedessen wurde Leichenraub so häufig, dass es nicht ungewöhnlich war, dass Verwandte und Freunde eines gerade verstorbenen Leichnams vor und nach der Bestattung auf den Leichnam aufpassten, um zu verhindern, dass er mitgenommen wurde.
Im November 1827 begann William Hare eine neue Karriere, als ihm zufällig ein verschuldeter Untermieter starb. Er erhielt für die Überführung der Leiche nach Knox 7,10 Pfund (sieben Pfund und zehn Schilling). Nun machten sich Burke und sein Komplize Hare daran, regelmäßig Landstreicher und Betrunkene zu ermorden. Nach 16 weiteren Transaktionen, den so genannten West Port Murders, wurden Burke und Hare am 2. November 1828 gefasst. Die ganze Stadt erschrak, genährt durch Balladen, Breitseiten und Zeitungen, über die schrecklichen Taten von Burke & Hare. Hare wurde zum Kronzeugen, und Burke wurde gehängt, seziert und zur Schau gestellt.
Burke ist der Metzger, Hase ist der Dieb,
Knox, der Junge, der das Rindfleisch kauft!
Knox wurde nicht strafrechtlich verfolgt, was viele in Edinburgh empörte. Sein Haus wurde von einem Mob angegriffen, und Fenster wurden eingeschlagen. Ein Komitee der Royal Society of Edinburgh sprach ihn von der Schuld frei, aber seine Rolle in dem Fall wurde nicht vergessen, und viele waren ihm gegenüber misstrauisch.