Ein Chromophor ist der Teil eines Moleküls, der für seine Farbe verantwortlich ist.

Die Farbe entsteht, wenn ein Molekül bestimmte Wellenlängen des sichtbaren Lichts absorbiert. Es überträgt oder reflektiert nur andere Wellenlängen, wodurch die Farbe entsteht, die wir sehen.

Bei biologischen Molekülen, die Lichtenergie einfangen oder nachweisen, ist der Chromophor der Teil des Moleküls, der auf Licht reagiert.

Chromophore machen die Farbe in Chromatophoren, den pigmenthaltigen und lichtreflektierenden Zellen, die in vielen Tieren vorkommen.