Das Gebiet war Teil des zentralaustralischen Aborigine-Reservats, als das Reservat 1922 gegründet wurde. Im Jahr 1955 wurden die Grenzen des Reservats jedoch verschoben, um den Abbau und die Schürfung, hauptsächlich von Nickel, zu ermöglichen. In der Gegend des heutigen Irrunytju wurden Bergbaucamps eingerichtet. Als Reaktion darauf siedelten Aborigine-Familien um diese Lager herum. Einige bekamen Arbeit bei den Bergarbeitern und wurden mit Lebensmittelrationen bezahlt; andere waren einfach dazu da, um Orte von spiritueller Bedeutung vor Außenstehenden zu schützen. Einige Unternehmen unternahmen Schritte, um sicherzustellen, dass ihre Bergleute diese Stätten respektierten; andere Unternehmen taten dies nicht, und mehrere heilige Stätten wurden in dieser Zeit beschädigt. Das Gebiet wurde 1972 wieder in das Reservat aufgenommen.
Nach der Abreise der Minenarbeiter blieben die Aborigine-Familien und errichteten mit dem, was von den Minencamps übrig geblieben war (Unterkünfte, Bohrungen usw.), eine dauerhafte Siedlung. Die Gemeinde erhielt auch Geld von der Bundesregierung, um die Errichtung einer dauerhaften Siedlung zu unterstützen. Die Gemeinde wurde 1976 eingemeindet. Im Jahr 1981 wurde sie Mitglied des Ngaanyatjarra-Rates.
Irrunytju befindet sich seit 1972 auf dem Land der Aborigines. Die wirtschaftlichen Aktivitäten in dem Gebiet werden durch das 2006 geschlossene Ngaanyatjarra-Abkommen über die Landnutzung durch Ureinwohner geregelt. Die Gemeinschaft unterhält viele traditionelle Aktivitäten, wie das Jagen und Sammeln von Bush Tucker. Seit 2001 verfügt die Gemeinde über ein eigenes Kunstzentrum, Irrunytju Arts.
