Die Nationale Universität von San Marcos wurde am 12. Mai 1551 in Lima (
Peru) als "Real Universidad de la Ciudad de los Reyes" (Reale Universität der Stadt der Könige) von Kaiser Karl I. von
Spanien gegründet. Sie war die erste Universität, die offiziell (durch königlichen Erlass) in
Amerika gegründet wurde. Ihr erster Rektor war Juan Bautista de la Roca. In ihren ersten Jahren war sie eine klösterliche Einrichtung. Pedro Fernández Valenzuela war ihr erster weltlicher Rektor im Jahre 1571. Am 17. September 1574 wurde der Name des Evangelisten "San Marcos" (Sankt Markus) als offizieller Name für die Hauptuniversität des Vizekönigreichs Peru gewählt.
Die Universität San Marcos begann ihre Lehrveranstaltungen mit dem Studium der Theologie und der Künste, nach einigen Jahren wurde das Studium der Rechtswissenschaften und der Medizin eingeführt. Der Vizekönig von Peru, Francisco de Toledo, half bei der Säkularisierung der Universität, danach war es möglich, eine religiöse Person oder eine säkulare Person als Rektor zu wählen. Im 18. Jahrhundert begannen viele lateinamerikanische Intellektuelle der Universität San Marcos, das Kolonialsystem zu kritisieren. San Marcos und die Colleges von San Carlos und San Fernando (nach ihrer Eingliederung in die Universität) wurden vom Vizekönig überwacht.
In der Emanzipationszeit war die Universität eine sehr wichtige Figur für die Unabhängigkeitsbewegungen. Der erste konstituierende Kongress Perus fand 1822 in der Kapelle der Universität San Marcos statt. Im 19. Jahrhundert kehrte die Universität in ihr als "Casona" bekanntes Lokal neben dem Universitätspark zurück. Bis 1946 hieß die Universität gewöhnlich Universität von Lima, dann wurde sie in jenem Jahr offiziell als "Universidad Nacional Mayor de San Marcos" (Nationale Universität von San Marcos) benannt. Im Jahr 1951 wurde das Stadion der Universität San Marcos im Rahmen der Feierlichkeiten zu ihrem 400-jährigen Bestehen eröffnet.
Heute verfügt die Universität San Marcos über 20 Fakultäten und 62 akademische Schulen und ist damit die einzige peruanische Universität, die Studien in den wichtigsten Wissensbereichen anbietet (unter Anwendung der UNESCO-Kriterien). San Marcos gilt als die wichtigste peruanische Universität, weil sie im Laufe der Geschichte Perus eine wichtige Rolle gespielt hat und über bemerkenswerte Absolventen und Lehrkräfte verfügt. Sie ist die einzige peruanische Universität mit einem Nobelpreisträger, Mario Vargas Llosa, unter ihren Alumni.