1884–1989
Der Club wurde 1884 nach einer Abspaltung von einem lokalen Team namens Heather Rangers gegründet. Im Jahr 1890 zogen die Warriors nach Sprüchen im Tryst Park und Goschen Park in den Ochilview Park um. Anfang des 20. Jahrhunderts war der Club kurzzeitig erfolgreich und gewann 1901 und 1902 zweimal den schottischen Qualifikationspokal. In den Jahren 1902-03 erreichte der Klub das Halbfinale des schottischen Pokals und verlor zu Hause gegen die Rangers mit 1:4. In der Saison 1921-22 trat Stenhousemuir zum ersten Mal in der A-Nationalmannschaft der schottischen Liga an.
1925-26 wurde Stenhousemuir-Torhüter Joe Shortt ein Bestechungsangebot von 50 Pfund unterbreitet, um ein Spiel gegen Broxburn zu schmeißen, aber er lehnte das Angebot ab, und die Warriors gewannen das Spiel mit 6:2. Ein Buchmacher aus Bainsford, einem kleinen Dorf am Rande von Falkirk, wurde daraufhin wegen versuchter Spielmanipulation ins Gefängnis geworfen. []
1928 brannte die hölzerne Tribüne im Ochilview Park bei einem Feuer ab, was dazu führte, dass an ihrer Stelle eine neue Tribüne gebaut wurde, obwohl später aufgrund von Planungsfehlern Treppenhäuser hinzugefügt werden mussten. In der Saison 1936/37 verzeichnete der Club einen Rekordsieg - einen 9:2-Sieg gegen Dundee United. Mehr als ein Jahrzehnt später, 1949-50, zog ein Viertelfinalspiel des schottischen Pokals gegen East Fife eine Rekordkulisse von 12.500 Zuschauern an - die höchste jemals in Ochilview Park erzielte Zuschauerzahl. []. Im November 1951 fand das erste Flutlichtspiel zwischen zwei schottischen A-Nationalmannschaften im Ochilview Park zwischen Stenhousemuir und Hibernian statt. []
Im Sommer 1964 enthüllte der Rangers FC der Scottish Football League einen Plan, die Warriors zusammen mit vier anderen Klubs aus der Liga zu entfernen, da sie in den drei vorangegangenen Spielzeiten die am wenigsten unterstützten Klubs waren. Vier Jahre später setzte sich Stenhousemuir zusammen mit Albion Rovers, Berwick Rangers, Brechin City und Stranraer, mit Unterstützung einer Reihe von Klubs, darunter Celtic F.C., Hamilton Academical F.C. und Airdrieonians F.C., erfolgreich gegen diesen Plan durch.
1972-73 besiegten die Warriors die Rangers im Ibrox-Stadion im schottischen Liga-Pokal mit 2:1. Bemerkenswert ist, dass die Rangers zu dieser Zeit den Pokal der Pokalsieger im UEFA-Pokal innehatten. []
1990-heute
In den Jahren 1992-93 erlaubte die Mannschaft ihren Rivalen Stirling Albion, ihr Stadion Ochilview Park zu teilen. In der Saison 1993-94 zogen die Warriors aufgrund der Gründung der schottischen Third Division erstmals aus der unteren Liga aus. Die Mitte der 90er Jahre war eine der erfolgreichsten Perioden in der Geschichte des Klubs. 1994-95 besiegten sie auf dem Weg zum Viertelfinale des Scottish Cup St. Johnstone mit 4:0 und Aberdeen mit 2:0, beides höhere Liga-Gegner, und erreichten damit das Viertelfinale des Scottish Cup. In der Saison 1995/96 gewann Stenhousemuir den Scottish Challenge Cup und besiegte Dundee United mit 5:4 im Elfmeterschießen nach torlosen 90 Minuten und Verlängerung. Dabei erreichte er das erste nationale Halbfinale seit 1902.
Stenhousemuir wurde zum ersten Mal in der Geschichte des Clubs von der schottischen Second Division in die schottische Third Division abgestiegen. In der nächsten Saison gelang ihm jedoch der Aufstieg zurück in die Second Division, ebenfalls ein Novum in der Geschichte des Klubs.
In den Jahren 2006-2007 kündigte der Club den Plan an, im Ochilview Park "falschen" Rasen zu verlegen. Der Klub war der erste in Großbritannien, der die Akkreditierung in der Kategorie FIFA 2 Star erhielt.
Stenhousemuir stieg in die zweite Liga Schottlands auf, nachdem er Cowdenbeath nach einem 0:0-Unentschieden im Playoff-Finale am Ende der Saison 2008-09 im Elfmeterschießen mit 5:4 besiegt hatte. In der Saison 2010/11 entging der Klub dem Abstieg nur knapp, nachdem er den größten Teil der Saison in der Abstiegszone verbracht hatte. Am letzten Spieltag der Saison besiegte der Klub Peterhead mit 3:0 und setzte sich damit gegen Alloa Athletic durch, wodurch er den Abstiegs-Playoffs entging.
Für die Saison 2011/2012 wird das Home Kit von Figure 11 Communications Ltd. gesponsert, das Away Kit wird von Apex Hotels gesponsert, und die Rückseite des Kits wird von Wright & MacLennan gesponsert.