Roux' Forschung basierte auf dem Begriff der Entwicklungsmechanik oder Entwicklungsmechanik. Seine Methodik bestand darin, in die Entwicklung von Embryonen einzugreifen und das Ergebnis zu beobachten. Roux' Untersuchungen wurden hauptsächlich an Froscheiern durchgeführt, um die frühesten Strukturen in der Entwicklung von Amphibien zu erforschen. Sein Ziel war es, Darwinsche Prozesse auf zellulärer Ebene bei der Arbeit zu zeigen.
1888 veröffentlichte Roux die Ergebnisse einer Reihe von Defektversuchen, bei denen er 2- und 4-zellige Froschembryonen entnahm und die Hälfte der Zellen jedes Embryos mit einer heißen Nadel tötete. Er berichtete, dass sie zu halben Embryonen wuchsen und vermutete, dass die getrennte Funktion der beiden Zellen bereits festgestellt worden war. Dies veranlasste ihn, seine "Mosaik"-Theorie vorzuschlagen: Nach einigen Zellteilungen würde der Embryo wie ein Mosaik aussehen, wobei jede Zelle ihre eigene, einzigartige Rolle im gesamten Entwurf spielt.
Nach einigen Jahren wurde die Theorie von Roux durch die Studien seines Kollegen Hans Driesch widerlegt, und später, mit größerer Präzision, zeigte Hans Spemann, dass die Schlussfolgerungen von Driesch in der Regel richtig waren, dass aber Ergebnisse wie die von Roux nach Eingriffen in bestimmte Flugzeuge erzielt werden können. Trotz dieses frühen Versäumnisses sollte sich die bahnbrechende mechanische Methodik von Roux am fruchtbarsten in der Biologie des 20.