Mark Everetts Vater war Hugh Everett III, ein Wissenschaftler, der als erster die Idee vertrat, dass unser Universum nur eines von mehreren miteinander verbundenen "alternativen" Universen ist. Zu dieser Zeit (1954) glaubte niemand Everett, und er betrachtete sich selbst als Versager. Er starb, als Mark 19 Jahre alt war.
Marks erstes Album hieß Bad Dude in Love (1985). Es wurde selbstveröffentlicht, was bedeutet, dass Everett die Verpackung des gesamten Albums ganz allein aufnahm und gestaltete und nur fünfhundert Exemplare an ein paar Freunde verkaufte. Dieses Album war das erste und letzte, das unter seinem vollen Namen, Mark Oliver Everett, veröffentlicht wurde. Sein nächstes Album, A Man Called E (1992), wurde nur als E veröffentlicht und verkaufte viel mehr Exemplare als Bad Dude in Love. Da viele Kritiker nicht wussten, wer E war, waren sie durch den Titel des Albums verwirrt, aber das Album verkaufte sich trotzdem gut.
Everetts nächstes Album als E war Broken Toy Shop (1993). Das Coverbild, das Everett im Zentrum einer Spielzeugstadt zeigt, gilt von allen seinen Veröffentlichungen als sein unbeliebtestes Albumcover. Dies wäre Everetts letztes Album mit seinem richtigen Namen oder seinem Pseudonym E, da Eels erstes Album, Beautiful Freak mit dem Bassisten Tommy Walter und dem Schlagzeuger Butch, 1996 veröffentlicht wurde.
1998 wurde Everett das einzige lebende Mitglied seiner Familie, nachdem seine Mutter an Lungenkrebs gestorben war. Seine Schwester war 1996 an Selbstmord gestorben. Er schrieb 16 Lieder über seine Trauer, die später sein nächstes Eels-Album, Electro-Shock Blues, mit Butch vom letzten Album, wurden. Butch und Everett waren auch die einzigen Mitglieder, die 2000 in Daisies of the Galaxy auftraten.
Im Jahr 2001 nahm Everett an einem philosophischen Urlaub teil, in dem ihm aus religiösen Gründen nicht gestattet wurde, zu schreiben oder zu sprechen. Als er sich inspiriert fühlte, brach er die Regeln und schrieb 12 Lieder, die später Souljacker werden sollten, mit Koool G Murder, Butch, Joe Gore, John Parish und Adam Siegel. Während dieser Zeit hatte er aufgehört, sich zu rasieren, und sein Bart hatte begonnen, sehr lang zu werden, wie auf diesem Bild zu sehen ist. Heute ist Everetts Bart sogar noch länger, und auf dem jüngsten Eels-Album (Hombre Lobo - spanisch für Werwolf, mit Koool G Murder und Knuckles) sind Lieder zu hören, die Everett darüber geschrieben hat, wie er durch den Bart "gefährlicher" aussah und sich "gefährlicher" fühlte.
Nach Souljacker veröffentlichte Eels Shootenanny!, ein Album, das viel negative Aufmerksamkeit auf die Band (damals bestehend aus E, Butch, Joe Gore und Koool G Murder) wegen Everetts unangemessenem Verhalten bei Presseveranstaltungen zur Unterstützung des Albums lenkte. In einem Interview mit einer australischen Fernsehsendung über Rockmusik scherzte Everett darüber, dass der Interviewer ihn nach dem Sex mit einer Prostituierten und der Einnahme von Heroin in der Nacht davor aufgeweckt habe. Außerdem wurde Everett gebeten, eine Rezension der Tagebücher von Kurt Cobain (der acht Jahre zuvor gestorben war) zu schreiben; seine Rezension war ein einziger Satz: "Bitte tun Sie mir das nicht an, nachdem ich gestorben bin." Die nachfolgende Veröffentlichung von Eels, Blinking Lights and Other Revelations, ein Konzeptalbum auf Doppelplatte über eine Reise durchs Leben, jedoch nicht in chronologischer Reihenfolge, wurde viel besser aufgenommen.
Neben diesen Studioalben hat Eels auch eine Best Of-Sammlung, sechs Live-Alben, zwei Sammlungen mit unveröffentlichtem Material, ein Buch von Everett über seinen Vater (und einen nachfolgenden Dokumentarfilm, der auf BBC ausgestrahlt wurde) veröffentlicht und Lieder für elf Filme geschrieben, darunter alle drei Shrek-Filme.
