Baldwin County wurde am 21. Dezember 1809 gegründet, zehn Jahre bevor Alabama ein Staat wurde. Davor war der Bezirk bis 1817 ein Teil des Mississippi-Territoriums gewesen, als das Gebiet in das Gebiet von Alabama überging.
Die Grenzen der Grafschaft haben sich oft geändert, und viele Armeen sind eingefallen.
In den ersten Tagen des Baldwin County war die Stadt McIntosh Bluff (heute in Mobile County) am Tombigbee River die Kreisstadt. Dann zog die Grafschaftsstadt 1810 in die Stadt Blakeley und 1868 in die Stadt Daphne um. Im Jahr 1900 wurde durch ein Gesetz der Legislative von Alabama festgelegt, dass der Grafschaftssitz in die Stadt Bay Minette verlegt werden sollte. Die Stadt Daphne war über diesen Umzug nicht glücklich, denn als Grafschaftssitz bedeutet dies, dass mehr Menschen die Stadt besuchen und die Unternehmen mehr verkaufen können. Um die Kreisstadt nach Bay Minette zu verlegen, gaben einige Männer aus Bay Minette vor, dass es einen Mord gegeben habe. Als der Sheriff und sein Stellvertreter die Stadt Daphne verließen, um nach dem Mörder zu suchen, gingen die Männer aus Bay Minette in die Stadt Daphne. Diese Männer holten die Unterlagen vom Baldwin County Courthouse und brachten sie zurück in die Stadt Bay Minette. Ein New-Deal-Wandbild im Postamt von Bay Minette ist ein Gemälde dieser Geschichte.
Baldwin County liegt in der Nähe des Golfs von Mexiko. Aus diesem Grund gibt es dort oft tropische Wettersysteme, bei denen es sich oft um Hurrikane handelt. Die Wetterverhältnisse können manchmal sehr schlecht sein, und manchmal wird der Bezirk zu einem Katastrophengebiet gemacht. Zum Beispiel im September 1979 durch Schäden durch den Hurrikan Frederic, im Juli 1997 durch den Hurrikan Danny, im September 1998 durch den Hurrikan Georges, im September 2004 durch Schäden durch den Hurrikan Ivan und erneut im August 2005 durch Schäden durch den Hurrikan Katrina.