Eine genetische Verknüpfung tritt auf, wenn Allele an verschiedenen Loci nicht zufällig segregieren. Damit wird das zweite Mendelsche Gesetz gebrochen.
Gene sind miteinander verbunden, wenn sie sich auf demselben Chromosom befinden. Sie neigen dann dazu, während der Meiose zusammenzubleiben. Allele für Gene auf verschiedenen Chromosomen sind in der Regel nicht miteinander verbunden, da die Chromosomen während der Meiose unabhängig voneinander angeordnet sind.
Während der Meiose kommt es bei der Trennung der Chromosomen zu einer gewissen Überschneidung der DNA. So können Allele auf demselben Chromosom getrennt werden und in verschiedene Tochterzellen gehen. Die Wahrscheinlichkeit dafür ist größer, wenn die Allele auf dem Chromosom weit voneinander entfernt sind, da es wahrscheinlicher ist, dass ein Cross-over zwischen ihnen stattfindet. Der relative Abstand zwischen zwei Genen kann anhand der Nachkommen eines Organismus berechnet werden, der zwei miteinander verbundene genetische Merkmale aufweist. Der Prozentsatz der Nachkommen, bei denen die beiden Merkmale nicht zusammenlaufen, wird notiert. Je höher der Prozentsatz der Nachkommen, die beide Merkmale aufweisen, desto näher auf dem Chromosom liegen die beiden Gene beieinander.
Dies war die erste Technik, die zur Kartierung von Genen auf Chromosomen verwendet wurde. Durch die Berechnung der Anzahl der Rekombinanten ist es möglich, ein Mass für den Abstand zwischen den Genen zu erhalten. Dieser Abstand wird als genetische Karteneinheit (m.u.) oder Zentimeterorgan bezeichnet und ist definiert als der Abstand zwischen Genen, bei dem ein Meiose-Produkt von 100 rekombinant ist. Eine rekombinante Frequenz (RF) von 1 % entspricht 1 m.u. Eine Kopplungskarte wird erstellt, indem man die Kartenabstände zwischen einer Anzahl von Merkmalen findet, die auf demselben Chromosom vorhanden sind, wobei idealerweise signifikante Lücken zwischen den Merkmalen vermieden werden, um die Möglichkeit mehrfacher Kreuzungen zu vermeiden.