Hydra ist der am weitesten entfernte Mond von Pluto. Er wurde zusammen mit Nix im Juni 2005 vom Pluto-Suchteam des Hubble-Weltraumteleskops gefunden, das sich aus Hal A. Weaver, Alan Stern, Max J. Mutchler, Andrew J. Steffl, Marc W. Buie, William J. Merline, John R. Spencer, Eliot F. Young und Leslie A. Young zusammensetzt. Die Entdeckungsbilder wurden am 15. Mai 2005 und am 18. Mai 2005 aufgenommen; die Monde wurden von Max J. Mutchler am 15. Juni 2005 und Andrew J. Steffl am 15. August 2005 unabhängig voneinander gefunden. Die Entdeckungen wurden am 31. Oktober 2005 bekannt gegeben, nachdem sie durch Vorfunde aus dem Jahr 2002 bestätigt worden waren. Die Monde wurden vorläufig als S/2005 P 1 (Hydra) und S/2005 P 2 (Nix) bezeichnet.
Der Mond umkreist das Baryzentrum des Systems in der gleichen Ebene wie Charon und Nix, in einer Entfernung von etwa 65.000 km. Im Gegensatz zu anderen Plutomonden ist seine Umlaufbahn nur annähernd kreisförmig; seine Exzentrizität von 0,0052 ist klein, aber signifikant von Null verschieden. Seine Umlaufzeit beträgt 38,2 Tage.
Obwohl seine Größe nicht direkt gemessen wurde, ergeben Berechnungen auf der Grundlage seiner Helligkeit einen Durchmesser zwischen 61 km, wenn sein Reflexionsvermögen ähnlich dem der 35 Prozent von Charon ist, und etwa 167 km, wenn es ein Reflexionsvermögen von 4 Prozent wie die dunkelsten Objekte des Kuipergürtels (KBOs) hat. Zum Zeitpunkt der Entdeckung war Hydra etwa 25 Prozent heller als sein Schwestermond Nix, was zu der Annahme führte, dass sein Durchmesser etwa 10 Prozent größer war. Daten aus Hubble-Beobachtungen vor der Entdeckung in den Jahren 2002-3 ließen den Schluss zu, dass Nix der hellere Mond war. Hubble-Beobachtungen in den Jahren 2005-6, die speziell auf die schwachen Monde abzielten, zeigten jedoch erneut, dass Hydra etwas heller war. Hydra scheint grau zu sein wie Charon und Nix, obwohl Pluto rötlich ist.
Hydra sollte zusammen mit Pluto von der New Horizons-Mission im Jahr 2015 besucht werden.
Der Name Hydra wurde am 21. Juni 2006 im IAU-Zirkular 8723 zusammen mit der formalen Bezeichnung Pluto III bekannt gegeben. Er wurde nach Hydra benannt, dem Ungeheuer, das in der griechisch-römischen Mythologie die Gewässer der Unterwelt von Pluto/Hades bewachte.

