1961 lernte Norman Scott (geb. 12. Februar 1940), ein früheres Modell, Thorpe während seiner Arbeit als Stallbursche kennen. Er behauptete, dass er und Thorpe zwischen 1961 und 1963, als homosexuelle Handlungen in Großbritannien illegal waren, eine sexuelle Beziehung hatten.
Nachforschungen führten dazu, dass Thorpe und drei andere wegen Verschwörung zum Mord an Scott angeklagt wurden. Während der Ermittlungen gestand ein Sammler antiker Schusswaffen, Dennis Meighan, dass er von einem Vertreter einer Person namens "ein Mr. Big in der Liberalen Partei" für £13.500 angeheuert worden war, um Scott zu töten. Meighan behauptete später, dass sein mündliches Geständnis von 1975 erheblich gekürzt wurde, als es ihm zur Unterschrift angeboten wurde: "Ich habe die Erklärung gelesen, die mir einen endlosen Gefallen getan hat, aber sie hat auch Jeremy Thorpe einen endlosen Gefallen getan, weil sie ihn völlig außen vor ließ..."
Das Resümee des Richters wurde wegen seiner Voreingenommenheit weithin kritisiert, und es machte Schlagzeilen, als er Scott als "einen Gauner, einen versierten Lügner ... einen Betrüger" bezeichnete. Die vier Angeklagten wurden alle am 22. Juni 1979 freigesprochen. Dennis Meighan wurde nie als Zeuge aufgerufen und schwieg bis 2014, als er seine Beteiligung einräumte und sich dazu äußerte: "Es war eine Vertuschung, keine Frage, aber es kam mir sehr gelegen".
Die Scott-Affäre ruinierte Thorpe, der als Führer der Liberalen Partei zurücktrat, und wurde bei den nächsten Parlamentswahlen 1979 geschlagen.
