Die Archamoebae sind eine wichtige Gruppe von Amöben. Sie sind unter Protisten ungewöhnlich, weil sie keine Mitochondrien besitzen.
Die Gruppe umfasst viele Gattungen, die innere Parasiten oder Kommensalen von Tieren sind: zum Beispiel Entamoeba und Endolimax. Einige sind humanpathogene Erreger, die Krankheiten wie die Amöbenruhr verursachen. Andere Gattungen der Archamoebae leben in Süßwasserlebensräumen und haben Geißeln. Die meisten haben nur einen einzigen Kern und eine Geißel, aber die Riesenamöbe Pelomyxa hat viele davon.
Die Analyse von 100 Genen zeigt, dass die Archamoebae zu den Amöben gehören, die ihre Mitochondrien verloren haben. Sie sind enge Verwandte der Schleimschimmelpilze. Parasitäre und kommensale Formen wie Entamoeba und Endolimax entwickelten sich getrennt von freilebenden Vorfahren.