Eine Geißel (Plural: Flagellum) ist eine lange, peitschenähnliche Struktur, die einigen einzelligen Organismen hilft, sich zu bewegen. Sie besteht aus Mikrotubuli. Sie helfen Zellen und Organismen in einer peitschenähnlichen Bewegung vorwärts zu treiben. Die Geißel von Eukaryonten bewegt sich normalerweise mit einer "S"-Bewegung und ist von einer Zellmembran umgeben.
Geißeln sind strukturell fast identisch mit den viel kleineren Cilien. So sehr, dass vorgeschlagen wurde, Protisten, die beide tragen, im Phylum Undulipodia zu vereinen. Zuvor hatte Margulis vorgeschlagen, dass die Ciliaten allein in einer Phylum Ciliophora untergebracht werden sollten. Zugegeben, die Protista ist eine Ansammlung von disparaten einzelligen Formen, aber während eine ausgefeiltere Taxonomie im Fluss (im Wandel) ist, ist Protista immer noch ein nützlicher Begriff.
Flimmerhärchen und Geißeln sind Zellorganellen, spezialisierte Einheiten, die genau definierte Funktionen ausüben, wie Mitochondrien und Plastiden. Es ist jetzt ziemlich klar, dass alle oder die meisten dieser Organellen ihren Ursprung in einst unabhängigen Prokaryonten (Bakterien oder Archaeen) haben und dass die Eukaryontenzelle eine "Gemeinschaft von Mikroorganismen" ist, die in einer "Vernunftehe" zusammenarbeiten.
