Die Entwurfsprinzipien, die Tanenbaum auf MINIX anwandte, hatten die Designentscheidungen beeinflusst, die Linus Torvalds bei der Erstellung des Linux-Kernels traf. Torvalds benutzte und schätzte MINIX, aber sein Design unterschied sich in wesentlichen Punkten von der MINIX-Architektur, vor allem durch die Verwendung eines monolithischen Kernels anstelle eines Mikrokernels. Dies wurde von Tanenbaum in der Tanenbaum-Torvalds-Debatte bekanntlich missbilligt. (Tanenbaum erläuterte im Mai 2006 erneut seine Gründe für die Verwendung eines Mikrokerns).
Linux wird von MINIX kopiert
Im Mai 2004 erhob Kenneth Brown von der Alexis de Tocqueville Institution in einem Buch namens Samizdat den Vorwurf, dass große Teile des Linux-Kernels von MINIX kopiert worden seien.
Diese Anschuldigungen wurden von fast allen zurückgewiesen - insbesondere von Andrew Tanenbaum, der der Meinung war, dass Kenneth Brown sehr falsch lag, und der eine lange Widerlegung auf seiner eigenen persönlichen Website veröffentlichte.