Sanger zog sich 1983 in sein Haus "Far Leys" in Swaffham Bulbeck außerhalb von Cambridge zurück.
1992 gründeten der Wellcome Trust und der Medical Research Council das nach ihm benannte Sanger-Zentrum (heute das Sanger-Institut). Das Institut befindet sich auf dem Wellcome Trust Genome Campus in der Nähe von Hinxton, nur wenige Kilometer von Sangers Wohnort entfernt. John Sulston, der Gründungsdirektor, fragte Sanger, ob das Zentrum ihm zu Ehren benannt werden könne. Sanger stimmte dem zu, warnte aber: "Es sollte besser gut sein". Es wurde von Sanger selbst am 4. Oktober 1993 mit einem Personal von weniger als 50 Personen eröffnet. Das Institut hat jetzt eine führende Rolle bei der Sequenzierung des menschlichen Genoms. Das Institut zählt heute über 900 Mitarbeiter und ist eines der größten Genomforschungszentren der Welt.
Obwohl er seine Abneigung gegen Gewalt beibehält, hat er seinen religiösen Glauben als Quäker verloren und bezeichnet sich selbst als Agnostiker. In einem im Jahr 2000 in der Tageszeitung Times veröffentlichten Interview wird Sanger mit den Worten zitiert "Mein Vater war ein engagierter Quäker, und ich wurde als Quäker erzogen, und für sie ist die Wahrheit sehr wichtig. Ich habe mich von diesen Überzeugungen entfernt - man sucht offensichtlich nach der Wahrheit, aber man braucht dafür einige Beweise. Selbst wenn ich an Gott glauben wollte, würde es mir sehr schwer fallen. Ich müsste Beweise sehen".
Er lehnte das Angebot einer Ritterschaft ab, da er nicht mit "Sir" angesprochen werden wollte, nahm aber später die Verleihung eines Verdienstordens an.
Im Jahr 2007 erhielt die British Biochemical Society vom Wellcome Trust ein Stipendium zur Katalogisierung und Erhaltung der 35 Labornotizbücher, in denen Sanger seine bemerkenswerten Forschungen von 1944 bis 1983 festhielt. Bei der Berichterstattung über diese Angelegenheit bemerkte die Zeitschrift Science, dass Sanger, "die zurückhaltendste Person, die man sich erhoffen konnte", nun seine Zeit mit Gartenarbeit in seinem Haus in Cambridgeshire verbrachte.
Tod
Sanger starb am 19. November 2013 im Alter von 95 Jahren in seinem Haus in Cambridge, England. Seine wissenschaftliche Biografie wird derzeit für eine Veröffentlichung im Jahr 2014 geschrieben.
