Wie alle östlichen Gewürze war Pfeffer historisch gesehen sowohl ein Gewürz als auch eine Medizin. Da der lange Pfeffer stärker war, war er oft das bevorzugte Medikament, aber es wurde beides verwendet.
Schwarze Pfefferkörner werden in der Ayurveda-, Siddha- und Unani-Medizin in Indien erwähnt. Das syrische Arzneibuch aus dem 5. Jahrhundert verschreibt Pfeffer (oder vielleicht langen Pfeffer) bei Krankheiten wie Verstopfung, Durchfall, Ohrenschmerzen, Wundbrand, Herzkrankheiten, Leistenbruch, Heiserkeit, Verdauungsstörungen, Insektenstichen, Schlaflosigkeit, Gelenkschmerzen, Leberproblemen, Lungenkrankheiten, Mundabszessen, Sonnenbrand, Karies und Zahnschmerzen. Verschiedene Quellen seit dem 5. Jahrhundert sagen auch, dass Pfeffer gut zur Behandlung von Augenproblemen geeignet ist. Oft müssen spezielle Salben, die mit Pfeffer hergestellt werden, direkt auf das Auge aufgetragen werden. Es gibt keine aktuellen medizinischen Beweise dafür, dass eine dieser Behandlungen irgendeinen Nutzen hat; Pfeffer direkt auf das Auge aufgetragen wäre ziemlich unangenehm und möglicherweise schädlich.
Lange Zeit glaubte man, dass Pfeffer der Grund für das Niesen ist; dies wird auch heute noch für wahr gehalten. Einige Quellen sagen, dass Piperin die Nasenlöcher reizt, was das Niesen verursacht; einige sagen, dass es nur die Wirkung des feinen Staubs im gemahlenen Pfeffer ist, und einige sagen, dass Pfeffer in Wirklichkeit überhaupt kein sehr effektiver Nieserreger ist. Wenige, wenn überhaupt kontrollierte Studien wurden durchgeführt, um diese Frage zu beantworten.
Pfeffer kann den Darm reizen. Er wird daher aus der Ernährung von Patienten mit Bauchoperationen und Geschwüren gestrichen. Der Ersatz wird gewöhnlich als fade Diät bezeichnet.
Pfeffer enthält geringe Mengen an Safrol, einer krebserregenden Verbindung.
