Joseph Kony (ausgesprochen IPA: [koɲ]; geboren 1961) ist ein ugandischer Guerillagruppenführer. Er ist das Oberhaupt der Lord's Resistance Army (LRA). Während er in der Öffentlichkeit viel Unterstützung fand, wandte sich die LRA gegen ihre Anhänger. Sie sagten, sie täten dies, um das Volk der Acholi zu "reinigen" und Uganda in eine Theokratie zu verwandeln, die von den Zehn Geboten beherrscht wird.
Die LRA ist bekannt dafür, dass sie der Zivilbevölkerung sehr schlimme Dinge antut. Zwei dieser Dinge sind Mord und Vergewaltigung.
Die LRA ist dafür bekannt geworden, was sie gegen die Menschen in mehreren Ländern tut. Einige dieser Länder sind Norduganda, die Demokratische Republik Kongo, die Zentralafrikanische Republik, der Südsudan und der Sudan. Sie hat etwa 66.000 Kinder gestohlen und gezwungen, für sie zu kämpfen.
Im Jahr 2005 wurde Kony vom Internationalen Strafgerichtshof in Den Haag (Niederlande) wegen Kriegsverbrechen angeklagt. Er ist noch nicht gefasst worden.