Frühe Karriere (1995-2000)
Vier Monate nach seinem Profi-Debüt erreichte Hunter die zweite Runde der britischen Meisterschaft 1995, als er die Nummer sechs der Welt, Alan McManus, mit 9:4 besiegte. Bei den Welsh Open 1996 erreichte er das Halbfinale, indem er Weltmeister Stephen Hendry im Achtelfinale besiegte. Im selben Jahr erreichte er das Viertelfinale der britischen Meisterschaft, wo er Willie Thorne mit 9-0, James Wattana mit 9-5 und Terry Murphy mit 9-7 besiegte, bevor er gegen den späteren Sieger Hendry mit 5-9 unterlag. Hunter spielte beim Masters 1997, wo er in der ersten Runde gegen Mark Williams mit 1-5 verlor.
Hunter gewann sein erstes Ranglistenrennen bei den Welsh Open 1998. Er besiegte Paul Wykes 5:3, Neal Foulds 5:2, Steve Davis 5:3, Nigel Bond 5:4, Alan McManus 5:3 und Peter Ebdon 6:1 vor John Higgins 9:5 im Finale. Im Finale lag Hunter mit 2-4 im Rückstand, gewann aber sieben Rahmen aus den nächsten acht zum Matchgewinn. Danach erreichte er das Halbfinale der britischen Meisterschaft 1998. Am Ende des Jahres wurde er von der Snooker Writers Association zum "jungen Spieler des Jahres" ernannt.
Hunter qualifizierte sich erstmals 1999 für die Teilnahme an der Snooker-Weltmeisterschaft, wo er in der ersten Runde mit 8-10 gegen den Sieger Stephen Hendry verlor. Er beendete die Saison als 12. der Weltrangliste 1999-2000, wodurch er sich zum ersten Mal automatisch für die Endrunde von Ranglistenturnieren qualifizierte.
In der folgenden Saison erreichte er das Viertelfinale bei sechs Veranstaltungen. Er war Vizemeister bei den Welsh Open 2001, Halbfinalist bei den British Open und den Scottish Open sowie Viertelfinalist beim Grand Prix und den China Open.
Meister der Meisterklasse (2001-2004)
Beim Masters 2001 schlug Hunter in der ersten Runde Matthew Stevens mit 6-5, Peter Ebdon im Viertelfinale mit 6-3 und Stephen Hendry im Halbfinale mit 6-4. Im Finale traf Hunter auf Fergal O'Brien. Er lag mit 3-7 zurück, gewann aber sieben der nächsten neun Frames zum 10-9-Sieg. Nach dem Sieg bemerkte Hunter, dass er und seine Freundin bei der 6:2-Niederlage zwischen den Spieltagen Sex hatten und er dadurch besser gespielt habe.
Bei der Veranstaltung im folgenden Jahr gewann er ebenfalls. In der ersten Runde besiegte er Stephen Lee mit 6:3, im Viertelfinale Peter Ebdon mit 6:5 und im Halbfinale Alan McManus mit 6:5, wo er im Finale auf Mark Williams traf. Hunter verlor alle ersten fünf Frames, gewann das Spiel aber mit 10-9. Hunter war neben Cliff Thorburn und Stephen Hendry erst der dritte Spieler, der das Masters behielt. Hunter gewann auch sein zweitbestes Turnier, die Welsh Open 2002, und schlug Ken Doherty im Finale mit 9:2, musste sich aber in der ersten Runde der Weltmeisterschaft 2002 mit 9:10 gegen Quinten Hann. Später im Jahr 2002 gewann Hunter sein drittrangigstes Turnier, die British Open, bei denen er im Finale Ian McCulloch mit 9-4 besiegte. Als Titelverteidiger des Masters erreichte Hunter das Halbfinale des Turniers 2003, verlor aber mit 3:6 gegen Mark Williams.
Bei der Snooker-Weltmeisterschaft 2003 besiegte er Allister Carter mit 10-5, Matthew Stevens mit 13-6 und Peter Ebdon mit 13-12 und erreichte damit das Halbfinale. In seinem Best-of-33-Frame-Halbfinale baute Hunter eine 15-9-Führung über Ken Doherty auf, konnte jedoch nur einen der nächsten neun Frames gewinnen und verlor das Spiel mit 16-17. Das Spiel wurde später als "Crucible Classic" in der BBC während der ursprünglichen Termine für die Snooker-Weltmeisterschaft 2020 gezeigt, als das Ereignis verschoben wurde. Trotz der Niederlage erkämpfte er sich in der Weltrangliste 2003-2004 zum ersten Mal in seiner Karriere einen Platz unter den ersten Acht, nachdem er in den beiden vorangegangenen Spielzeiten auf Platz neun rangiert hatte.
In den Jahren 2003-04 gewann Hunter den Masters 2004 zum dritten Mal innerhalb von vier Jahren. Hunter lag im Spiel 1:6, 2:7, 6:8 und 7:9 hinter Ronnie O'Sullivan, bevor er die letzten drei Frames zum Sieg brachte. Er machte im Spiel fünf Jahrhunderte Pause. Hunter erreichte ebenfalls das Finale der Players Championship, verlor aber mit 7-9 gegen Jimmy White. Beim Snooker-Event der Premier League 2004 gelang ihm das höchste Break seiner Karriere, nämlich 146 bei einer 3:5-Niederlage gegen Marco Fu. Er erreichte die zweite Runde der Snooker-Weltmeisterschaft 2004, wo er gegen Matthew Stevens mit 12:13 verlor, obwohl er sowohl mit 10:6 als auch mit 12:10 in Führung lag.
Hunter begann die Saison 2004-05 mit dem Erreichen des Halbfinales des Grand Prix, wo er mit 3:6 gegen Ronnie O'Sullivan verlor. Dann erreichte er das Viertelfinale der China Open 2005, nur wenige Tage nachdem er entdeckt hatte, dass er an Krebs erkrankt war. In der Saison 2004-2005 war er auf Platz vier der Weltrangliste und fiel in der folgenden Saison auf Platz fünf zurück.
Spätere Jahre und Krankheit (2005-2006)
Am 6. April 2005 gab Hunter bekannt, dass er an Krebs erkrankt sei. Hunter kehrte zu Beginn der Saison 2005-06 zum Snooker zurück, verlor aber in der ersten Runde des Grand Prix gegen Rory McLeod. Hunters nächstes Spiel der Saison war bei der britischen Meisterschaft gegen Jamie Burnett, in der Hunter mit 6-8 unterlag, das Spiel aber mit 9-8 gewann. Trotzdem verlor Hunter in der nächsten Runde mit 2-9 gegen den späteren Meister Ding Junhui. In der ersten Runde der Weltmeisterschaft 2006 verlor er mit 5-10 gegen Neil Robertson, sein letztes Spiel überhaupt.
In der Rangliste 2006/2007 rutschte er von Platz 5 auf Platz 34 ab. Hunter gab zu, dass es ihm schlechter ging als im Vorjahr, und bestätigte, dass er ständig Schmerzen hatte. Am 27. Juli 2006 bestätigte die WPBSA, dass nach einer Abstimmung der Mitglieder die Regeln so geändert würden, dass Hunter die gesamte Saison 2006-2007 aussetzen könne und seine Weltrangliste auf Platz 34 eingefroren werde. Er beabsichtigte, das Jahr der Behandlung seiner Krebserkrankung zu widmen.