Cystein (abgekürzt als Cys oder C) ist eine α-Aminosäure. Sie hat die chemische Formel HO2CCH(NH2)CH2SH.
Cystein ist eine semi-essentielle Aminosäure, was bedeutet, dass der Mensch sie herstellen kann. Die Codons UGU und UGC kodieren für Cystein. Die Thiol-Seitenkette im Cystein führt als Nukleophil häufig Enzymreaktionen durch. Das Thiol oxidiert zu dem Disulfidderivat Cystin, das in vielen Proteinstrukturen wichtig ist. Bei Verwendung als Lebensmittelzusatzstoff hat Cystein die E-Nummer E920.