Guede wurde im Oktober 2008 in Italien vor Gericht gestellt. Er wurde für schuldig befunden und kam für 30 Jahre ins Gefängnis.
Knox und Sollecito wurden ebenfalls vor Gericht gestellt. Sollecito kam für 25 Jahre ins Gefängnis, Knox für 26 Jahre. Beide legten gegen ihre Urteile Berufung ein.
Die Staatsanwälte sagten, Guede, Knox und Sollecito hätten Kercher gemeinsam getötet. Die Anwälte von Knox und Sollecito sagten, dass Guede sie allein getötet habe und sich Stunden später entkleidet und die Leiche bewegt habe. Im Juni-November 2009 legten ihre Anwälte Beweise und Zeugen vor, um die Theorie des "einsamen Wolfes" zu untermauern, wonach Guede Kercher getötet und sich später entkleidet und die Leiche vom Fenster ihres Schlafzimmers in dem Haus, in dem sie mit Knox lebte, weggebracht hat.
Guede hatte behauptet, er sei zu einem mit Kercher für Halloween geplanten Termin in ihr Haus eingeladen worden. Als er in ihrem Haus war, behauptete er, er sei krank geworden, und als er im Badezimmer war, hörte er einen lauten Schrei. In seiner Geschichte behauptete Guede, er habe einen braunhaarigen Italiener mit einem Messer über Kercher auf dem Boden ihres Zimmers gesehen. Er behauptete dann, dass der Mann mit ihm kämpfte und aus dem Haus rannte und in perfektem Italienisch sagte: "Trovato negro, trovato colpevole" ("schwarz gefunden, für schuldig befunden"). Guede sagte, er habe versucht, Kercher zu helfen, da sie schnell blutete, aber er bekam Angst und rannte aus dem Haus, ohne die Polizei oder irgendjemanden um Hilfe zu rufen. Guede hatte den Beamten gesagt, dass Kercher vollständig bekleidet war, als sie erstochen wurde, und er ließ sie mit der Bettdecke und dem Kissen auf ihrem Bett zurück. Zeugen und CSI-Experten der Forensischen Polizei in Rom legten jedoch Beweise vor, die Guedes Geschichte über diese Nacht widersprachen:
· Guede behauptete, Kercher habe sich an Halloween mit ihm getroffen, aber ihre Freunde sagten aus, dass sie mit ihr feiern gegangen seien, und keiner von ihnen habe sie mit Guede sprechen sehen.
· Guede behauptete, Kercher sei vollständig bekleidet gewesen, als sie erstochen wurde, aber Blutflecken auf ihrer Haut deuteten darauf hin, dass ihr T-Shirt über ihren BH gezogen wurde, als sie erstochen wurde.
· Guede behauptete, das weiße Kissen sei auf dem Bett geblieben, aber es wurde unter dem Körper gefunden, markiert mit seinem linken Schuhabdruck (von Nike Outbreak 2-Tennisschuhen) und seinem Handabdruck in Blut.
· Guede behauptete, dass er nicht zurückkehrte, um sich auszuziehen und den Körper zu bewegen, aber der BH und der durchtrennte BH-Träger hatten DNA, die mit Guedes genetischem Profil übereinstimmte, auch auf ihrem Körper und ihrer Handtasche.
· Guede behauptete, er habe das Fenster im dritten Schlafzimmer im Obergeschoss nicht eingeschlagen, aber nur fünf Tage zuvor war er nach Geschäftsschluss in einer Mailänder Schule erwischt worden, als ein Laptop und ein Mobiltelefon aus einer Anwaltskanzlei gestohlen wurden, in die ein Stein durch ein Fenster im Obergeschoss eingebrochen war.
· Guede behauptete, er habe Kercher nicht erstochen, aber als er am 27. Oktober 2007 in der Mailänder Schule erwischt wurde, durchsuchte die örtliche Polizei seinen Rucksack und fand ein aus der Schulküche gestohlenes Küchenmesser.
Bei Guedes Prozess glaubten der Richter und die Geschworenen Guedes Behauptungen nicht, und sie verurteilten ihn des Mordes. Er war gefasst worden, weil sein Handabdruck auf dem Kissen mit seiner Polizeiakte übereinstimmte, einschließlich des Vorfalls in der Mailänder Schule, als die Mailänder Polizei ihn nur 5 Tage vor dem Mord freigelassen hatte. Guede wurde zu 30 Jahren Gefängnis verurteilt, aber das wurde nach seinem ersten Berufungsverfahren auf 16 Jahre reduziert.
In einem separaten Prozess wurden sowohl Knox als auch Sollecito wegen des Mordes angeklagt, aber die Beweise waren viel geringer als bei Guede. Keine Zeugen sagten aus, sie hätten gesehen oder gehört, wie Knox oder Sollecito in dieser Nacht das Haus betraten oder verließen. Außerdem waren die geringen Mengen an DNA, die sie mit dem Mord in Verbindung brachten, so gering, dass sie als Verunreinigung betrachtet werden könnten, und so geringe Mengen an DNA sind während der Prozesse vor britischen oder US-amerikanischen Strafgerichten unzulässig. Obwohl zahlreiche Schuhabdrücke gefunden worden waren, die zu Guedes Nike-Schuhen passten, gab es keine Schuhabdrücke, die zu einem der Schuhe passten, die die Polizei aus den Häusern von Knox und Sollecito mitgenommen hatte. Das Hauptproblem bei ihnen war, dass sie Dinge sagten, die verdächtig erschienen:
· Knox hatte während eines Polizeiverhörs eine Erklärung geschrieben, in der sie sich vage daran erinnerte, mit ihrem Chef von der Arbeit zum Haus gegangen zu sein, aber sie hielt es für eine falsche Erinnerung, die unter dem Druck der Polizei angedeutet wurde.
· Knox sagte aus, dass die Polizei sie am 4. Tag der Befragung die ganze Nacht ohne Essen wach gehalten habe, dann schrie sie, schlug sie und drohte, sie für 30 Jahre ins Gefängnis zu stecken, wenn sie niemanden nenne. Die Polizei sagte jedoch aus, sie habe sie nicht schikaniert und stattdessen habe Knox angefangen zu weinen und gestanden, im Haus gewesen zu sein.
· An dem Tag, an dem die Leiche entdeckt wurde, als die Postpolizei eintraf, sagten Knox und Sollecito, sie hätten die Polizei gerufen, aber die Telefonaufzeichnungen zeigen an, dass der Anruf einige Minuten nach und nicht vor ihrer Ankunft getätigt wurde.
· Als Sollecito die Polizei anrief, sagte er, es habe einen Einbruch gegeben, bei dem nichts gestohlen wurde, obwohl die anderen Mitbewohner nicht zurückgekehrt waren, um ihre Habseligkeiten zu zählen.
· Beide behaupteten, in seinem zweistöckigen Haus übernachtet zu haben, aber sie konnten nicht bestätigen, was der andere unten tat oder ob einer von beiden gegangen war.
· Sollecito sagte der Polizei, sein Vater habe ihn gegen 23 Uhr zu Hause angerufen. Die Telefonaufzeichnungen zeigten jedoch später, dass er keinen solchen Anruf erhalten hatte.
Da keine anderen Zeugen bestätigen konnten, dass das Ehepaar während des Mordes in Knox' Haus in seinem Haus blieb, wurden sie beide vor Gericht gestellt. Die Beweise gegen sie waren sehr begrenzt:
· Ein Mann, Hekuran K., behauptete, er habe alle drei in dieser Nacht auf einer verregneten Straße in der Nähe des Hauses gesehen und sich mit ihnen gestritten, aber der Regen habe stattdessen in der Nacht zuvor an Halloween stattgefunden. Auf die Frage, woher er wisse, um wie viel Uhr sie sich gestritten hätten, sagte er, er habe seine Autouhr überprüft, merkte aber an, dass sie kaputt sei. Auf die Frage, ob er mit Reportern gesprochen habe, antwortete er: Nein, dann ja.
· Ein anderer Zeuge, ein Obdachloser, Antonio C., sagte, er habe Knox und Sollecito an jenem Abend um 23.11.30 Uhr auf einem Stadtplatz in der Nähe des Hauses reden sehen, zeitlich abgestimmt von einer Uhr in der Nähe, aber in seiner ursprünglichen Aussage hatte er gesagt, dass andere Leute in der Nähe Masken trugen, wie an Halloween, in der Nacht zuvor.
· Computeraufzeichnungen zeigen, dass Sollecitos Computer um 21:10 Uhr benutzt wurde und er mindestens 10 Minuten vom Stadtplatz entfernt wohnte.
· Ein Fingerabdruck-Experte behauptete, dass ein Schuhabdruck auf dem Bettkissen in der Größe von Knox war, aber das Muster passte zu keinem ihrer 22 Schuhe, und als das Kissen gefaltet wurde, stimmte dieser Schuhabdruck exakt mit den Nike-Schuhen von Guede überein.
· Ein teilweiser Blutfußabdruck auf der nahegelegenen Badmatte soll mit Sollecitos Fuß übereinstimmen, aber Experten sagten aus, dass er so vage war, dass er auch mit Guedes Fuß übereinstimmte.
· In Kerchers Zimmer wurden keine Haare, Kleidungsfasern, Haut oder Fingerabdrücke von Knox oder Sollecito gefunden.
· Weder in ihren Häusern noch in Sollecitos Auto wurden blutverschmierte Kleidung, Schuhe oder Messer gefunden.
· Ein Messer, das aus Sollecitos Küche genommen wurde, mit Knox' DNA auf dem Griff, wurde behauptet, um eine Spur von Kercher's DNA nahe der Spitze abzugleichen, aber das Messer war zu groß, um zwei der drei Stichwunden gemacht zu haben, und wurde überall negativ auf jeglichen Blutrückstand getestet.
Als Knox im ersten Prozess verurteilt wurde, wurde das Urteil von einigen als "Antiamerikanismus" in Frage gestellt, aber gleichzeitig wurde auch Sollecito verurteilt.