Ein Kern in der Anatomie ist eine Hirnstruktur (Plural = Kerne). Er ist eine kompakte Ansammlung von Neuronen. Er ist eine der beiden häufigsten Organisationsformen von Nervenzellen, wobei es sich bei den anderen um geschichtete Strukturen wie die Großhirnrinde oder die Kleinhirnrinde handelt. Die gleiche Art von Struktur im peripheren Nervensystem wird als Ganglion bezeichnet. Einige der traditionellen Bezeichnungen für Hirnkerne verwenden ebenfalls dieses Wort.
In anatomischen Schnitten zeigt sich ein Kern als eine Region der grauen Substanz, die oft von weißer Substanz begrenzt wird. Das Gehirn von Wirbeltieren enthält Hunderte von Kernen, die in Form und Größe variieren. Ein Kern kann eine komplexe innere Struktur mit mehreren Arten von Neuronen aufweisen, die in Büscheln (Subnuklei) oder Schichten angeordnet sind.