Polyphylie ist ein Begriff aus der Kladistik. Er beschreibt eine Gruppe von Organismen, deren letzter gemeinsamer Vorfahre kein Mitglied der Gruppe ist. Eine andere Möglichkeit, dies auszudrücken, besteht darin, dass die Polyphylie Gruppen umfasst, von denen einige Mitglieder von Vorfahrenpopulationen abstammen.
Die Diagramme zeigen, dass Vögel und Säugetiere tatsächlich verwandt sind, aber nur auf der Ebene der frühen Amnioten. Im Hinblick auf die Evolution besteht zwischen ihnen eine große Kluft.
In der traditionellen Taxonomie ist es gebräuchlicher, alle Nachkommen (z.B. lebende Säugetiere) ohne die Gruppe einzubeziehen, aus der sie sich entwickelt haben (was eine gewisse Klasse in der Therapsida wäre). Dies geschieht aus Bequemlichkeit, aber es macht die Säugetiere polyphil.
Die biologische Klassifikation zielt darauf ab, Arten so zu gruppieren, dass jede Gruppe von einem einzigen gemeinsamen Vorfahren abstammt. Eine polyphyletische Gruppe kann "fixiert" werden, indem entweder Kladde ausgeschlossen oder der gemeinsame Vorfahre hinzugefügt wird.
Nach der Kladistik sollte es das Ziel der Klassifikation sein, sicherzustellen, dass alle Gruppen monophyletisch sind. Andere Taxonomen argumentieren jedoch, dass es einen gültigen Platz für Gruppen gibt, die paraphyletisch sind oder ihren jüngsten gemeinsamen Vorfahren enthalten, aber nicht alle Nachkommen dieses Vorfahren.
