Protein Data Bank
Die Protein Data Bank (PDB) ist eine Sammlung von Informationen über die dreidimensionale (3-D) Struktur großer biologischer Moleküle, wie Proteine und Nukleinsäuren. Die Daten werden von Biologen und Biochemikern aus der ganzen Welt eingesandt. Die meisten Daten stammen aus der Röntgenkristallographie oder NMR-Spektroskopie. Jeder kann online kostenlos auf die PDB zugreifen. Die Worldwide Protein Data Bank, wwPDB, verwaltet die PDB.
Das PDB ist nützlich für Wissenschaftler, die Strukturbiologie und Strukturgenomik studieren. Viele Wissenschaftler müssen ihre Informationen an die Datenbank schicken. Große wissenschaftliche Zeitschriften und einige Fördereinrichtungen, wie z.B. die National Institutes of Health in den Vereinigten Staaten, haben Regeln, die den Wissenschaftlern vorschreiben, die Daten an die PDB zu senden. Die PDB enthält die Original- oder Primärdaten. Hunderte von anderen Datenbanken verwenden die Daten wieder. Diese sekundären Datenbanken organisieren die Informationen auf unterschiedliche Weise. Beispielsweise stellen sowohl SCOP als auch CATH Strukturen in Gruppen zusammen, die nach Art der Struktur und Vorstellungen darüber, wie sie durch die Evolution miteinander in Beziehung stehen, organisiert sind. Die Gen-Ontologie ordnet die Daten in Gruppen an, die auf Genen basieren.
Verwandte Seiten
- Datenbank der Molekularen Anträge
- Die Weltweite Proteindatenbank (wwPDB) - übergeordnete Seite für regionale Hosts (unten)
- RCSB-Proteindatenbank (USA)
- PDBe (Europa)
- HVEj (Japan)
- BMRB, Biologische Magnetresonanz-Datenbank (USA)
- wwPDB-Dokumentation - Dokumentation zu den beiden Dateiformaten PDB und PDBML
- Strukturen im Blick - Die Einführung des RCSB in die Kristallographie
- PDBsum Home Page - Extrahiert Daten aus anderen Datenbanken über PDB-Strukturen.
- Nucleic Acid Database, NDB - ein PDB-Spiegel speziell für die Suche nach Nukleinsäuren
- Einführendes PDB-Tutorial, gesponsert von PDB
Fragen und Antworten
F: Was ist die Protein Data Bank (PDB)?
A: Die Protein Data Bank (PDB) ist eine Sammlung von Informationen über die dreidimensionale (3-D) Struktur großer biologischer Moleküle, wie Proteine und Nukleinsäuren.
F: Woher stammen die Daten in der PDB?
A: Die meisten Daten stammen aus der Röntgenkristallographie oder der NMR-Spektroskopie.
F: Wer schickt die Daten für die PDB ein?
A: Biologen und Biochemiker aus der ganzen Welt schicken die Daten ein.
F: Kann jeder auf die PDB zugreifen?
A: Ja, jeder kann kostenlos online auf die PDB zugreifen.
F: Wer verwaltet die PDB?
A: Die Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) verwaltet die PDB.
F: Warum ist die PDB für Wissenschaftler nützlich?
A: Die PDB ist für Wissenschaftler nützlich, die sich mit Strukturbiologie und struktureller Genomik beschäftigen.
F: Wer schickt seine Daten an die PDB?
A: Viele Wissenschaftler müssen ihre Informationen an die Datenbank senden. Große wissenschaftliche Zeitschriften und einige Förderorganisationen, wie die National Institutes of Health in den Vereinigten Staaten, haben Vorschriften, die den Wissenschaftlern vorschreiben, ihre Daten an die PDB zu senden.
