Als er 1939 in den Ruhestand trat, war er wählbar, und die Baseball Writers' Association of America (BBWAA), die damals wie heute das wichtigste Gremium für die Wahl von Spielern ist, entschied sich für eine Sonderwahl, um ihn speziell zu wählen. (Dies lag wahrscheinlich daran, dass Gehrig bekanntermaßen im Sterben lag und die Wähler ihn wählen wollten, solange er noch lebte).
Nach Clementes Tod machte die BBWAA eine Ausnahme von ihrer fünfjährigen Wartezeit für Clemente. Die für Clemente gemachte Ausnahme ist nun eine Regel - ein Spieler, der während seiner aktiven Zeit oder innerhalb von fünf Jahren nach seiner Pensionierung stirbt, wird sechs Monate nach seinem Tod wählbar (vorausgesetzt, er hat mindestens 10 Jahre in der Major League Baseball gespielt).
Clemente leistete viel Wohltätigkeitsarbeit, vor allem in lateinamerikanischen Ländern; wie oben erwähnt, starb er auf einer Wohltätigkeitsmission nach Lateinamerika. Jedes Jahr verleiht die MLB den Roberto-Clemente-Preis. Diese Auszeichnung wird an den Spieler vergeben, der dem Beispiel Clementes mit seiner Wohltätigkeitsarbeit am besten folgt.
1973 wurde Clemente mit der Goldmedaille des Kongresses und der ersten Präsidentenbürgermedaille ausgezeichnet. Am 17. August 1984 gab der United States Postal Service eine Briefmarke zu Ehren von Clemente heraus. Dies war der Tag vor seinem 50. Geburtstag.