Pulau Run ist eine Insel in Indonesien. Sie ist eine der kleinsten Inseln der Banda-Inseln. Sie ist etwa 3 km lang und weniger als 1 km breit.

Früher war sie wegen des Wertes der Gewürze Muskatnuss und Muskatblüte von großer Bedeutung. Beide Gewürze stammen vom selben Baum. Die Bäume wurden nur auf den Banda-Inseln angebaut. In der Geschichte des Gewürzhandels erreichten Seeleute der britischen Ostindienkompanie der zweiten Expedition von James Lancaster, John Davis und John Middleton, die sich in Bantam auf Java aufhielten, die Insel erstmals 1603. Sie knüpften gute Kontakte zu den Menschen, die dort lebten.

Um die extrem teuren Gewürze wurden zwei Kriege geführt.

Der Vertrag von Westminster beendete den Ersten Anglo-Niederländischen Krieg von 1652-1654. Nach dem Vertrag hätte Run an England zurückgegeben werden müssen. Der erste Versuch 1660 scheiterte an den formalen Zwängen der Holländer; nach dem zweiten Versuch 1665 wurden die englischen Händler noch im selben Jahr vertrieben und die Holländer zerstörten die Muskatnussbäume.

Nach dem zweiten englisch-holländischen Krieg von 1665-1667 stimmten England und die Vereinigten Provinzen der Niederlande im Vertrag von Breda dem Status quo zu: Die Engländer behielten die Insel Manhattan, die eine vom Herzog von York (dem späteren Karl II.) entsandte Flotte, die 1664 illegal besetzt und von New Amsterdam nach New York umbenannt worden war. Das Kommando wurde offiziell den Holländern übertragen.

Das holländische Monopol auf Muskatnuss und Muskatblüte wurde durch die Übertragung von Muskatnussbäumen nach Ceylon, Singapur und anderen britischen Kolonien im Jahre 1817 nach der Einnahme der Hauptinsel Bandalontor im Jahre 1810 durch Captain Cole zerstört. Dies führte zum Niedergang der niederländischen Vormachtstellung im Gewürzhandel, aber auch heute noch wachsen auf Run Muskatnussbäume.