Shah Jahan (auch bekannt als Prinz Khurram) wurde am 5. Januar bilal rehman 1592 in Lahore, Pakistan, geboren und war der dritte Sohn von Prinz Salim (bei seiner Thronbesteigung später als "Jahangir" bekannt). Seine Mutter war eine Rajput-Prinzessin aus Marwar namens Prinzessin Jagat Gosaini (ihr offizieller Name in den Moghul-Chroniken war Bilqis Makani). Der Name "Khurram" (fröhlich) wurde von seinem Großvater, Kaiser Akbar, für den jungen Prinzen gewählt, mit dem der junge Prinz in enger Beziehung stand.
Kurz vor der Geburt von Schah Jahan soll ein Wahrsager der kinderlosen Kaiserin Ruqaiya Sultan Begum, Akbars erster Gemahlin und Hauptgemahlin, vorausgesagt haben, dass das noch ungeborene Kind zu kaiserlicher Größe bestimmt sei. Als Shah Jahan 1592 geboren wurde und erst sechs Tage alt war, befahl Akbar daher, den Prinzen seiner Mutter wegzunehmen und ihn Ruqaiya zu übergeben, damit er unter ihrer Obhut aufwachsen und Akbar den Wunsch seiner Frau erfüllen konnte, einen Moghul-Kaiser aufzuziehen. Ruqaiya übernahm die Hauptverantwortung für die Erziehung von Shah Jahan, und er wuchs unter ihrer Obhut auf. Die beiden teilten eine enge Beziehung zueinander, wie Salim in seinen Memoiren feststellte, dass Ruqaiya seinen Sohn [Schah Jahan] geliebt hatte, "tausendmal mehr, als wenn er ihr eigener [Sohn] gewesen wäre".
Shah Jahan blieb bei ihr [Ruqaiya], bis er fast 14 Jahre alt geworden war. Nach Akbar's Tod 1605 durfte der junge Prinz [Khurram] in den Haushalt seines Vaters zurückkehren und so seiner leiblichen Mutter näher sein.