Fiver, ein Kaninchen mit der Gabe, in die Zukunft zu sehen, lebt in Sandleford Warren und sieht, wie sein Haus in der Zukunft von einem Landbauer zerstört wird. Er überredet seinen Bruder Hazel, mit dem Oberkaninchen Threarah darüber zu sprechen, den Warren zu verlassen, doch das Oberkaninchen hat nicht die Absicht, den Warren zu verlassen. Hazel, Fiver und neun weitere Kaninchen machen sich dann auf die Suche nach einem neuen Zuhause (damals nur aufgrund von Fivers Träumen, dass irgendwo weit weg ein gutes Zuhause auf sie wartet).
Sie fahren durch Wälder, Felder, über Flüsse und Straßen, die mit Hrududu's (Autos) gefüllt sind, bevor die Müdigkeit sie zwingt, an einem Bau anzuhalten, der von einem Kaninchen namens Cowslip angeführt wird. Nach langen Debatten einigen sich die Kaninchen darauf, am Cowslips-Gefängnis zu bleiben. Das Gehege fühlt sich jedoch aufgrund der seltsamen Bräuche des anderen Kaninchens für sie falsch an (besonders Fiver).
Bald finden sie heraus, dass die seltsamen Aktionen, die Cowslip's Kaninchen zeigen, darauf zurückzuführen sind, dass sie von einem Bauern lediglich gefüttert und versorgt werden, so dass er sie, einen nach dem anderen, als Futter tötet. Sie verlassen Cowslips Gehege, obwohl Bigwig auf dem Weg fast stirbt.
Sie gehen weiter, bis sie an der Stelle von Watership Down ankommen, einem hohen Hügel, der weit vom Menschen entfernt ist und voller guter Lebensmittel und Sicherheit steckt. Nach ein oder zwei Tagen auf ihrem guten Land, das Fiver ihnen versprochen hatte, wird Hazel zum inoffiziellen Oberkaninchen von Watership Down ernannt. Hazel stellt jedoch fest, dass es unter ihnen keine "Does" (Kaninchenweibchen) gibt und dass sie ohne Does kein gesundes Kaninchengehege haben können.
Hazel rettet später eine große Möwe namens Kehaar, die von einer Katze verletzt wurde. Nachdem sie Kehaar wieder gesund gepflegt hat, erklärt sich Keharr bereit, den Kaninchen im Gegenzug für ihre Freundlichkeit ihm gegenüber vorerst zu helfen. Nachdem er von Hazel gebeten wurde, das Gebiet zu verlassen, findet Kehaar südlich ihrer Position ein großes Gehege namens Efrafa. Nachdem sie gehört hat, dass Efrafa groß und zu überfüllt ist, schickt Hazel vier Kaninchen nach Efrafa, um sie zu fragen, ob sie einige Kaninchen in ihren Bau zurückbringen könnten.
Da Efrafa jedoch ein großer Bau mit zu vielen Kaninchen ist, wird es von einem Kaninchen namens General Woundwort und seinem großen Militär streng kontrolliert. Jedem Kaninchen wird gesagt, wann es wo essen, schlafen und vieles mehr darf. Ohne das Ok des Generals geschieht nichts, auch nicht beim Verlassen des Kaninchengeheges. Die vier Kaninchen rennen kaum weg, nachdem sie einem Efrafan-Captain einen Streich gespielt haben.
Zur gleichen Zeit, als die vier Kaninchen in Efrafa sind, führt Hazel eine kleine Gruppe an, die sich mit Kehaars Bericht befasst, in dem es eine Farm mit einigen wenigen Kaninchen in Käfigen gibt, darunter auch welche. Nach ein paar Razzien brechen die Watership-Kaninchen ein paar eingesperrte Kaninchen aus dem Hof heraus, aber Hazel wird auf dem Weg nach draußen erschossen. Fiver hat jedoch eine Vision, wo Hazel ist, und Hazel wird gefunden und wieder gesund.
Als sie nun hört, wie es Efrafa geht, beschließt die geschwächte Hazel, die Kaninchen aus Efrafa zu befreien. Alle Kaninchen der Watership reisen vorsichtig an die Ränder von Efrafa. Bigwig gibt vor, ein allein wanderndes Kaninchen zu sein, und infiltriert Efrafa als Offizier ihrer Owsla. Insgeheim hilft Bigwig jedoch den Kaninchen, beim Ausbruch zu helfen. Er trifft sich mit Hyzenthlay und Thethunninnang, zwei von ihnen, die ihm sagen, dass sie und ein paar andere Kaninchen mit ihm die Flucht versuchen werden, wenn er einen Arbeitsplan hat.
Nachdem sie fast gegen General Woundwort kämpfen mussten, brechen Bigwig und die Does mit Kehaars Hilfe aus Efrafa aus. Natürlich wird dieser Ausbruch von den Wachen bemerkt, und bald holen der General selbst und seine kleine Armee Bigwig und die entlaufenen Kaninchen ein. Sie entkommen nur, weil Kehaar Woundwort angreift. Woundwort jagt die Kaninchen weiter zu einem Bach, und die Kaninchen entkommen auf einem kleinen Boot. Zwei sterben zwar auf dem Weg nach Watership Down, aber die meisten Kaninchen schaffen es sicher dorthin.
Die Kaninchen freuen sich über die neuen Kaninchen. Allerdings warnt eine Feldmaus die Kaninchen, dass General Woundwort und ein kleines Schlachtteam kommen werden. Der General greift dann in der Nacht den Bau an, während die Wasserschiffkaninchen zu ihren tiefsten Höhlen gehen und die Tunnel absperren, um die Efrafans aufzuhalten.
Während er in einem Bau sitzt, wird Fiver ohnmächtig, da ihm zu viele Visionen auf einmal kommen. Währenddessen hat Hazel eine Vision, wie man die Efrafans aufhalten kann. Hazel sagt Bigwig, er solle dort bleiben und kämpfen, und er holt Brombeere und Löwenzahn aus dem Bau. Hazels Plan ist es, den Hund auf der nahe gelegenen Nuthanger-Farm einzusetzen, um die Efrafans zu besiegen.
Hazels Plan funktioniert, aber Bigwig und Hazel werden dabei verletzt. General Woundwort verschwindet, um nie wieder gesehen zu werden. Hauptmann Campion und die anderen Angreifer kehren nach Efrafa zurück, wo Campion Oberkaninchen wird.
Hazel lebt ein langes Leben als Ober-Kaninchen von Watership Down, während sein Bau gut läuft und friedlich ist. Fiver erholt sich und Bigwig wird der angesehene Hauptmann der Wache.
