Die Geschichte spielt an Bord des Schlachtschiffs HMS Indomitable im Jahre 1797 während der französischen Revolutionskriege. Es gibt einen kurzen Prolog am Anfang und einen Epilog am Ende, in dem der alte Kapitän an die Geschichte zurückdenkt, die sich viele Jahre zuvor abgespielt hat. Der Rest der Oper erzählt diese Geschichte.
Prolog
Kapitän Vere, ein alter Mann, denkt an sein Leben und seine Zeit in der Marine zurück. Er denkt daran, was Billy Budd einige Jahre zuvor passiert ist, und er ist traurig, weil er ihn nicht retten konnte.
Akt 1
Die Besatzung der Unbezwingbaren arbeitet an Deck. Dort arbeitet ein neuer Mann (der Novize). Er rutscht aus und stößt mit einem Offizier zusammen. Der Novize wird dafür grausam ausgepeitscht (geschlagen). Zur gleichen Zeit kommt ein anderes Besatzungsmitglied mit drei neuen jungen Männern, die gedrängt (gezwungen) wurden, zur Arbeit auf das Schiff zu kommen. Einer dieser drei Männer ist Billy Budd.
Billy Budd ist sehr glücklich an seinem neuen Arbeitsplatz. Ihm ist klar, wie grausam er behandelt werden wird. Der für die Besatzung verantwortliche Mann ist Claggart. Er ist der Master-at-Arms, und er ist sehr grausam. Er sagt, dass er Billy Budd für einen guten jungen Mann hält, obwohl er stottert. Billy verabschiedet sich freudig von dem Schiff, auf dem er früher gearbeitet hat und das den Namen Rights of Man trägt. Er sieht die Ironie im Namen dieses Schiffes nicht (dort hatte er zumindest einige Rechte, aber jetzt soll er schlecht behandelt werden. Das Wort "unbezwingbar" bedeutet: "etwas, das nicht besiegt werden kann"). Claggart mag Billys Haltung nicht und sagt Squeak, er solle ihn genau beobachten.
Der Novize kommt von seiner Auspeitschung zurück. Er hat solche Schmerzen, dass er nicht laufen kann. Billy ist schockiert, glaubt aber, dass er selbst nicht so behandelt werden wird, solange er sich an die Schiffsregeln hält.
Dansker erzählt den neuen Männern, dass der Spitzname von Kapitän Vere "Sternen-Vere" lautet. Billy meint, er müsse ein guter Mann sein und schwört ihm die Treue, obwohl er ihn noch nicht gesehen hat. In der Vier-Akt-Version kommt Kapitän Vere an Deck und ermutigt die Männer, sich im Kampf zu bewähren.
Akt 2
In seiner Kabine spricht Kapitän Vere mit seinen Offizieren über die französische Revolution. Sie sprechen über die Meuterer, die sich in der britischen Marine ereignet haben. Die Offiziere sagen, dass Billy Ärger machen könnte, aber Vere denkt, dass seine Männer alle gut sind.
Als Billy Squeak findet, wie er seine Habseligkeiten durchsucht, wird er wütend und sein Stottern wird schlimmer. Er stößt Squeak zu Boden. Claggart scheint auf Billys Seite zu stehen, so dass er nicht bestraft wird. Doch Claggart will Billy gegenüber böse sein. Er gibt dem Novizen etwas Geld und sagt ihm, er solle Billy überreden, eine Meuterei anzufangen, und dass er Billy das Geld als Bestechung geben solle. Der Novize wagt es nicht, sich zu weigern. Billy lehnt das Bestechungsgeld ab und glaubt, er werde belohnt, aber Dansker warnt ihn, dass Claggart gefährlich ist. Billy ist zu naiv, um zu verstehen, was Dansker sagt. Sie singen ein Duett, in dem Billy singt, wie wunderbar das Leben auf dem Schiff ist, und Dansker versucht, Billy vor Claggart zu warnen: "Jemmy-legs is down on you".
Akt 3
Claggart beginnt Vere zu erzählen, dass Billy Ärger machen könnte, wird aber unterbrochen, als ein französisches Schiff gesehen wird. Die Unbezwingbare greift an, verliert aber im Nebel den Feind aus den Augen. Claggart kehrt zurück und teilt Vere mit, dass Billy die Gefahr einer Meuterei darstellt. Vere glaubt ihm nicht und schickt nach Billy, damit Claggart mit ihm sprechen kann.
Später, in Vere's Kabine, wiederholt Claggart die falsche Anklage in Gegenwart von Billy. Wieder einmal beginnt Billy zu stottern, weil er so wütend ist. Da er nicht sprechen kann, schlägt er Claggart und tötet ihn. Der Kapitän muss die Offiziere zusammenrufen. Sie befinden Billy für schuldig und verurteilen ihn zum Tode durch Erhängen. Billy fleht Vere an, ihn zu retten, und die Offiziere fragen ihn, was sie tun sollen, aber Vere schweigt. Er geht in die Kabine, in der Billy festgehalten wird. Die Musik suggeriert, dass der Kapitän Billy von seinem Todesurteil erzählt.
Akt 4
Dansker bringt Billy einen Drink. Er sagt ihm, dass die Besatzung um seinetwillen zur Meuterei bereit ist, aber Billy akzeptiert sein Schicksal. Am frühen Morgen versammelt sich die Besatzung an Deck, und Billy wird hingerichtet. Kurz bevor er stirbt, lobt er Vere singend: "Sternenkind Vere, Gott segne dich!", und der Rest der Besatzung wiederholt seine Worte.
Nachwort
Vere, als alter Mann, erinnert sich an Billys Seebestattung. Er denkt daran, wie der junge Mann ihn gesegnet hatte, als er starb, und ihm wird klar, dass dies echte Güte war. Vere ist jetzt im Frieden mit sich selbst. Das Orchester hört auf zu spielen und Vere's Stimme ist zu hören, als die Lichter verblassen.
