Der 2001-2008 entstandene Handlungsbogen von Bionicle spielt in einer wissenschaftlichen Fantasiewelt, die überwiegend von teils organischen, teils maschinellen Wesen in einer unterirdischen Welt bewohnt wird, die in massiven Kuppeln unter der Erde existiert. Diese Welt (auch "Das Matoran-Universum" genannt) und ihre Rassen wurden einst von einem Großen Geist namens Mata Nui beschützt, bis er von der bösen Makuta Teridax und der Bruderschaft der Makuta in einen ewigen Schlummer versetzt wurde. Die Welt der Matoran begann zu zerfallen. Aber die Maske des Lebens, die in Mata Nui aufbewahrt wurde, wurde in den Weltraum hinausgeschickt, um einen neuen Planeten zu finden. Die Maske landete auf dem Planeten Bara Magna, und die Maske schuf einen kleinen Körper.
2009 begann eine ganz neue Saga der Geschichte, die die vorangegangenen Jahre hinter sich ließ und sich auf neuere Möglichkeiten wagte, als Mata Nui, nachdem sie von Makuta Teridax verbannt worden war, auf einem mysteriösen, unfruchtbaren Planeten namens Bara Magna abstürzte. Hier wird er zum Mittelpunkt der Geschichte und findet neue Verbündete, während er versucht, einen Weg zu finden, den Matoran und die Toa vor Makuta Teridax' tyrannischer Herrschaft zu retten.
2001 - Die Suche nach den Masken
Die Geschichte beginnt mit sechs Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu und Onua kommen auf einer Insel an, die als Insel Mata Nui bekannt ist, und erinnern sich an nichts über ihre Namen hinaus. Sie entdeckten, dass die Bewohner, die Matoran-Dorfbewohner, ständigen Angriffen von infizierten Rahi ausgesetzt sind, wilden Bestien, die durch den mächtigen Einfluss der Makuta Teridax durch die Verwendung von Masken der Infizierten Kanohi kontrolliert werden, was zu einem Krieg führte, der etwa 1000 Jahre dauerte. Nachdem sie zahlreiche Kanohi-Masken gesucht und gefunden haben, erhalten die Toa jeweils eine Goldene Kanohi-Maske mit ungeheurer Macht und suchen die Makuta selbst auf. Nachdem sie die wilden Manas-Krabben und die Schatten-Toa (böse Doppelgänger-ähnliche illusionistische Nachbildungen der Toa ) herausgefordert haben, konfrontieren die Toa die Makuta und besiegen ihn, indem sie ihre Elementarkräfte vereinen.
2002 - Die Bohrok-Schwärme
Nach seiner Niederlage ließ Makuta den alten Bohrok frei. Bohrok sind Roboterdrohnen, die dazu bestimmt waren, die Insel Mata Nui "in der Vorzeit" in ihren Zustand zu "reinigen". Die Bohrok begannen, die Dörfer auf der Insel zu durchwühlen und zwangen Matoran zur Flucht. Ein erfinderischer Matoran der Erde, Nuparu, baut ein mächtiges Fahrzeug namens Boxor, das aus Teilen eines beschädigten Bohrok gebaut wurde, um die Schwärme abzuwehren. Die Toa, die sich des Zwecks des Bohrok nicht bewusst waren, sammelten die Bohrok's Krana (maskenartige Kreaturen, die als ihre Gehirne fungieren), um den Bohrok-Königinnen, den Bahrag, entgegenzutreten: Cahdok und Gahdok: Cahdok und Gahdok. Die besiegten Cahdok und Gahdok werden in einem von den Elementargewalten der Toa geschaffenen Gefängnis eingesperrt. Die Toa Mata werden dann einer Substanz namens Energized Protodermis ausgesetzt, die sie verwandelt und ihnen neue Rüstungen und Waffen verleiht. Sie benannten sich selbst in "Toa Nuva" um.
2003 - Der Bohrok-Kal-Streik und die Maske des Lichts
Nachdem Cahdok und Gahdok besiegt sind, werden die Bohrok-Schwärme gestoppt und in ihre Bienenstöcke zurückgeführt. Allerdings erschienen sechs neue Elite-Bohrok, die Bohrok-Kal genannt werden, mit dem Ziel, die Bahrag freizulassen. Anschließend stahlen sie den Toa Nuva ihre Kräfte, die der Schlüssel zum Aufbrechen des Siegels sind. Am Rande der Niederlage zwangen die Toa alle ihre Kräfte in den Bohrok-Kal, überlasteten ihn und besiegten ihn.
Kurz darauf entdeckten zwei Matoraner, Takua und Jaller, die Kanohi-Maske des Lichts. Sie wurden beauftragt, über die Insel Mata Nui zu reisen, um den Toa des Lichts zu finden. In der Zwischenzeit schuf und sandte Makuta sechs Kreaturen namens Rahkshi aus, um die Maske zu finden und das Kommen des Toa des Lichts zu verhindern. Die Rahkshi rissen über Mata Nui hinweg und zerstörten die Dörfer Ta-Koro und Onu-Koro. Die Rahkshi wurden von den Toa aufgehalten, aber erst nachdem sie Jaller getötet hatten. Durch den Tod von Jaller erkannte Takua, dass er der Toa des Lichts war, und er setzte die Maske auf, um Toa Takanuva zu werden. Takanuva ging, um sich den Makuta entgegenzustellen, und während ihres Kampfes fielen beide in einen Teich aus energetisierter Protodermis, einer silbrigen Substanz mit der Kraft, ein Wesen zu verändern oder zu zerstören, und verschmolzen zu dem Wesen Takutanuva. Takutanuva öffnete daraufhin die Tür zur Stadt Metru Nui und ließ die Matoran und Toa durch. Mit einem Teil seiner Lebensenergie belebte er Jaller wieder, während er die Tür immer noch offen hielt. Der Energieverbrauch war jedoch zu hoch, und Takutanuva wurde von der Tür zerquetscht, was sowohl Takanuva als auch Teridax zu töten schien, so dass nur Takanuvas Maske des Lichts übrig blieb. Takanuva wurde sofort wiederbelebt, als seine Maske benutzt wurde, um das Leuchtfeuer zu Metru Nui zu aktivieren. Danach bereitete sich der Matoran darauf vor, in die Inselstadt Metru Nui zurückzukehren.
2004 - Legenden von Metru Nui
Als der Matoran sich auf die Reise nach Metru Nui vorbereitete, enthüllten die Turaga (Dorfälteste), dass sie einst Toa gewesen waren und in Metru Nui gegen Bedrohungen wie das morbuzakhische Pflanzengeschöpf und die von Dume-kontrollierten Vahki-Durchsetzungskommandos gekämpft hatten. Sie wurden als Matoran durch Toa-Steine, die die von Toa Lhikan geopferte Kraft enthielten, in die Toa-Metru verwandelt. Ihre Mission war es, die sechs Großen Scheiben zu finden und die Morbuzakh zu besiegen, eine Pflanzenbedrohung, die die Stadt zu zerstören drohte. Als sie dies jedoch taten, wurden sie von Dume, dem Turaga der Stadt, verraten. Später entdeckten sie, dass Makuta Teridax die Verkleidung von Dume übernommen und die Kontrolle über die Vahki (Strafverfolgungsroboter) übernommen hatte. Sein Plan war es, die Matoraner einzuschläfern, ihre Erinnerungen auszulöschen und sie "als ihren Eroberer" wieder zu erwecken. Die Toa flohen, wurden aber von Teridax angegriffen. Durch die Kombination ihrer Elementarkräfte gelang es ihnen, Teridax in einem Gefängnis aus kristallisierter Protodermis einzusperren. Die Toa reisten zu einer neuen Insel, die später als Mata Nui bekannt werden sollte, und schworen, zurückzukehren, um den Matoran zu retten.
2005 - Netz der Schatten
Sie kehren zurück. Allerdings hatten der böse König Sidorak und sein Vizekönig Roodaka auf der Insel regiert, mit bösartigen spinnenähnlichen Kreaturen namens Visorak. Die Toa wurden bald gefangen genommen und mutierten zu bestialischen Toa Hordika. Um zur Normalität zurückzukehren, suchten die Toa den legendären Rahi Keetongu auf. Toa Vakama verriet jedoch die anderen Toa und schloss sich Sidorak an, der ihn zum Anführer der Visorak machte. Der andere Toa stellte sich der Visorak-Horde in einer großen Schlacht und überzeugte Vakama, sich wieder zu ihnen zu gesellen. Daraufhin befahl Vakama den Visorak, frei zu sein. Keetongu tötete daraufhin Sidorak, den Roodaka und Vakama verraten hatten. Die sechs Toa besiegten daraufhin Roodaka mit allen sechs ihrer Elementarkräfte. Dies hatte jedoch den Nebeneffekt, dass Makuta befreit wurde, da Roodaka ein Fragment seines Gefängnisses bei sich trug. Die Toa schlugen sie aus diesem Grund. Nachdem sie von Keetongu wiederhergestellt worden waren, brachten die Toa Metru den Matoran auf eine neue Insel. Als sie ihre Macht opferten, um den Matoran zu erwecken, wurden sie zu Turaga und errichteten später auf dieser Insel neue Dörfer namens Mata Nui.
2006 - Insel des Verderbens
Die Toa Nuva erfuhren, dass Mata Nui nicht nur schlief, sondern im Sterben lag. Um ihn zu retten, müssen sie auf die Insel Voya Nui reisen und die geheimnisvolle Kanohi Ignika, die Maske des Lebens, suchen. Die Toa Nuva brechen zu diesem Abenteuer auf, werden aber schnell von sechs neuen und mächtigen Feinden, den Piraka, gefangen genommen: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak und Avak. Sie suchten die Maske für ihre eigenen dunklen Zwecke. Als die Toa nicht zurückkehrten, folgte ihnen eine Gruppe von sechs Matoranern. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu und Matoro entkamen in Toa-Kanistern auf die Insel, doch während ihrer Reise verwandelten sie sich durch Blitze des Roten Sterns in die Toa-Inika. Bei ihrer Ankunft erfahren sie von der Piraka und davon, wie sie den örtlichen Matoran versklavten, indem sie sich als falsche Toa ausgaben, damit der Matoran ihnen eine Festung bauen konnte. Mit Hilfe eines kleinen Matoran-Widerstandes und dem alten Wächter Axonn gelang es den Toa Inika, die Toa Nuva zu befreien, den Tempel der Maske zu finden und die Piraka sowie die anderen Kreaturen, die sie bewachen, zu bekämpfen. Schließlich gingen sie mit den Kanohi als Sieger hervor. Aber die Maske des Lebens besaß einen eigenen Willen, und im letzten Moment weicht sie allen aus und stürzt sich in die Tiefen des Meeres.
2007 - Meer der Finsternis
Nach der Jagd nach der Maske des Lebens stürzte der Toa Inika ins Wasser, nachdem er den geheimnisvollen Hinweis "rettet die versunkene Stadt" von einem unbekannten Matoran erhalten hatte, der Hahli vor dem Ertrinken gerettet hatte, um den Preis, dass er an der Dekompressionskrankheit starb.[14] Ein Energieschub aus der Maske des Lebens verwandelte den Toa Inika in wasseratmende Formen. Sie entdeckten ein bewohntes Dorf von Mahri Nui, das von Voya Nui abgebrochen war und vor tausend Jahren untergegangen war. Das Dorf wurde von alten Kriegsherren, die als Barraki bekannt waren, bedroht, die durch das nahe gelegene mutagene Wasser namens "Die Grube" mutiert waren. Die Toa, die heute als Toa Mahri bekannt sind, stellten sich gegen die Barraki, um zu überleben. Als die Toa jedoch die Maske zurückbekamen, starb der Große Geist. Als Toa Matoro erkannte, dass noch Hoffnung bestand, eilte er zum Kern des Universums und opferte sein Leben, um Mata Nui wiederzubeleben. In den letzten Momenten seines Lebens nutzte Toa Matoro die Kraft der Maske, um die Toa Mahri zurück nach Metru Nui zu teleportieren und ihnen zu erlauben, wieder Luft zu atmen. Das Leben des Großen Geistes wurde gerettet, aber er musste erst noch erweckt werden.
2008 - Die Endschlacht
Nachdem sie von Artakha neue Rüstungen und Waffen erhalten hatten, erreichten die Toa Nuva Karda Nui, den Kern des Universums. Dort trafen sie auf die Makuta, die versuchten, die Bevölkerung von Av-Matoran - Matoran des Lichts - in Schatten-Matoran zu verwandeln. Den Toa Nuva wurde durch die Ankunft von Takanuva, der nun in der Lage ist, Licht und Schatten wegen eines Schattenech-Angriffs zu kontrollieren, und Toa Ignika, der selbst die Maske des Lebens ist, geholfen. Der Kanohi Ignika hatte einen Körper für sich selbst geschaffen, weil er sehen wollte, wie es ist, ein Lebewesen zu sein. Mit vereinten Kräften erreichten sie im Zentrum von Karda Nui ein Bauwerk namens Codrex, wo Toa Ignika seinen neuen Körper opfern musste, um Mata Nui zu erwecken. Takanuva brachte den Schattenmatoran mit Hilfe des verbliebenen unverdorbenen Av-Matoran in seine früheren Zustände zurück. Kurz darauf entkamen die Toa dem Kern, bevor der Energiesturm, der durch Mata Nuis Erwachen ausgelöst wurde, sie zerstören konnte. Die Makuta konnten jedoch nicht entkommen und wurden alle getötet. Zurück in Metru Nui wurde Mata Nuis Erwachen gefeiert, aber die Feier wurde abgebrochen, als bekannt wurde, dass Teridax den Körper von Mata Nui übernommen hatte, der sich als das Universum der Matoraner entpuppte. Er fing den Geist von Mata Nui in der Maske des Lebens ein und schickte ihn in den Weltraum, damit der frühere Große Geist nicht in seine Kontrolle über das Universum eingreifen konnte.
2009 - Die Wiedergeburt der Legende
Die Bionikle-Geschichte geht weiter, nachdem Mata Nui von Makuta Teridax aus seinem Körper verbannt wurde, auf einen Planeten namens Bara Magna. Mit Ausnahme einiger weniger Tierarten ist Bara Magna ein unfruchtbarer Wüstenplanet, der nur über wenige Ressourcen verfügt, so dass jeder Stamm auf dem Planeten einige Krieger, Glatorianer genannt, hat, die um sie kämpfen. Diese Ressourcen, wie Nahrung und Wasser, werden entsprechend verteilt. Die Dorfbewohner dieser Welt sind als Agori bekannt. Die Agori bilden zusammen sechs verschiedene Stämme, die jeweils einer Region angehören. Nachdem die Maske des Lebens auf Bara Magna gelandet ist, schafft sie einen Körper, den Mata Nui nutzen kann. Mata Nui verbündet sich dann mit einigen Glatorianern, um die vereinten Streitkräfte der Skrall und der Knochenjäger, zwei Hauptbedrohungen für die Dörfer, zu besiegen und nach einem Weg zu suchen, in seinen Körper zurückzukehren. Mit der Hilfe seiner neuen Glatorianer- und Agori-Freunde entlarvt er einen Verräter namens Metus und besiegt die Skrall und Knochenjäger. Er hilft den Dörfern der Welt, sich zu vereinen, indem er alle riesigen Roboterteile nimmt und sie zu einem großen Prototyp-Roboterkörper verbindet, einem Körper wie dem, in dem das Matorianische Universum residiert.
2010 - Ende der Reise
Nachdem er die Skrall besiegt und gesehen hat, wie sich der Rest der Dörfer vereinigt, stellt sich Mata Nui der Herausforderung, seinen alten Körper von Teridax zurückzunehmen. Er erfährt, dass er von den Großen Wesen auf dem Planeten Spherus Magna erschaffen wurde, der nun als Ergebnis des Kernwaffenkrieges in einen Dschungelmond (Bota Magna), einen Ozeanmond (Aqua Magna) und den verbleibenden Wüstenplaneten (Bara Magna) aufgeteilt ist. Mata Nui erfährt auch, dass es vor seinem Bau einen früheren Roboter gab, den die Agori als ihr Zuhause nutzen. Ein Agori von Tesara namens Tarduk hilft Mata Nui, indem er ihm eine uralte Energiequelle zeigt, die den alten Roboter antreiben könnte.
Auf dieser letzten Reise kehren zwei Helden zurück, um den Kampf zu beenden: Tahu, der in seine ursprüngliche Form zurückkehrte und die mächtige Goldene Rüstung trug, und Takanuva. Sie werden von Gresh unterstützt. Sie kämpfen gegen den Skakdi-Kriegsfürsten Nektann, um Makuta und seine Armee zu besiegen, gegen Horden von Rahkshi, die mit Hitzeblick bewaffnet sind, und gegen Skrall.
Die Geschichte geht weiter, während die Streitkräfte sowohl des Matoran-Universums als auch der Glatorianer dem bevorstehenden Ansturm von Skakdi, Rahkshi und Skrall gegenüberstehen. Die goldene Rüstung, die durch die Explosion von Makuta verstreut wurde, wird von Tahu, Gresh und Takanuva von den vielen Feinden eingesammelt. Tahu besiegt den Skakdi-Kriegsherrn Nektann und legt dann die Rüstung an, die jede Rahkshi-Kraata auf Bara Magna verbrennt.
Teridax behauptet, dass er Bara Magna mit Gravitationsenergie zerstören wird, bis Mata Nui seinen Arm nach oben zwingt, wodurch Teridax die Energiewelle zu den darüber liegenden Monden sendet. Mata Nui stößt Teridax zurück in einen der aufstürmenden Monde, den grünen Mond von Bota Magna, dessen Aufprall seinen Kernprozessor zerstört, wodurch Teridax getötet wird. Mata Nui trauert dann um den Bruder, den er im Geiste hätte haben können.
Das Finale endet, wenn Mata Nui seine Kraft und die Macht der Maske des Lebens einsetzt, um Spherus Magna wieder zusammenzubringen, um diejenigen zu heilen, die von Pit Mutagen mutiert waren, um Leben auf den Planeten zurückzubringen und zerstörte geographische Merkmale zu rekonstruieren. Die Belastung führt dazu, dass sich sein Kraftkern auflöst und der Roboter-Prototyp zerstört wird. Als die Glatorianer und Toa den Ignika unversehrt an der Stelle entdecken, an der Mata Nui war, spricht Mata Nui aus der Maske des Lebens zu ihnen. Er sagt ihnen, dass die Zukunft ihnen gehört und dass es an ihnen liegt, sie zu bauen. Dann bleibt er in der Ignika untätig. Die Agori, Matoran, Toa, Glatorianer und alle anderen beginnen ein neues Leben auf Spherus Magna.
Zukunft von Bionicle
Die Bionicle-Spielfilmlinie ging Ende 2009 zu Ende, nachdem die Sets für 2010 für die Veröffentlichung fertig gestellt wurden, und wurde im Sommer 2010 durch Hero Factory ersetzt, ein Lego-Thema, das mit Bionicle-Sets kompatibel ist. Aber trotzdem wird die Geschichte in Serien, die von Greg Farshtey geschrieben wurden, online auf BIONICLEstory.com fortgesetzt.