Clarkson wurde in Fort Worth, Texas, geboren. Sie ist das dritte und jüngste Kind von Jeanne Rose, einer Lehrerin der ersten Klasse, und Stephen Michael Clarkson.
Clarksons Eltern ließen sich scheiden, als sie sechs Jahre alt war, nachdem sie siebzehn Jahre lang verheiratet gewesen war. Die Familie zog dann nach Burleson, wo ihre Mutter wieder heiratete. Sie ist griechischer (von einem Urgroßvater mütterlicherseits), englischer, irischer, deutscher und schottischer Abstammung. Ihre Mutter ist eine Nachfahrin des republikanischen Staatssenators Isaiah Rose, dessen Lebensgeschichte in Clarksons Episode von Who Do You Think You Are? diskutiert wurde. im Jahr 2013 diskutiert wurde.
Clarkson besuchte die Pauline G. Hughes Middle School und die Burleson High School. Ursprünglich wollte sie Meeresbiologin werden, änderte jedoch ihre Meinung, nachdem sie den Film Der weiße Hai gesehen hatte. In der siebten Klasse hörte einer ihrer Lehrer sie in einem Flur singen und bat sie, für den Schulchor vorzusingen.
In der High School trat Clarkson in Musicals wie Annie Get Your Gun, Seven Brides for Seven Brothers und Brigadoon auf. Sie sang bei ihrer Talentshow in der High School, woraufhin ein Zuschauer einige inspirierende Worte mit ihr sprach: "Gott hat dir diese Gabe gegeben. Du musst singen. Du bist dazu bestimmt zu singen. "Clarkson sang weiter und begann bald eine klassische Ausbildung, in der Hoffnung, dass die Musik ihr Ticket für ein College-Stipendium sein würde.
Nach Abschluss der Highschool erhielt Clarkson Vollstipendien für die University of Texas at Austin, die University of North Texas und das Berklee College of Music. Sie entschied sich jedoch gegen das College, um eine Musikkarriere zu verfolgen, und sagte: "Man ist nie zu alt, um aufs College zu gehen".