Ryan wurde erstmals 1999 in das Repräsentantenhaus gewählt und gewann den Sitz von Mark Neumann im 1. Distrikt, einem Amtsinhaber mit zwei Amtszeiten, der sein Mandat niedergelegt hatte, um sich erfolglos für den US-Senat zu bewerben. Ryan gewann die Vorwahl der Republikaner gegen den 29-jährigen Pianisten Michael J. Logan von Twin Lakes.
Ryan wurde 2008 das ranghöchste republikanische Mitglied des Haushaltsausschusses des Repräsentantenhauses und 2012, nachdem die Republikaner die Kontrolle über das Repräsentantenhaus übernommen hatten, dessen Vorsitzender. Im selben Jahr wurde er ausgewählt, die republikanische Antwort auf die Rede zur Lage der Nation zu geben.
Während seiner 12 Jahre im Repräsentantenhaus hat Ryan mehr als 70 Gesetzesvorlagen oder -änderungen gesponsert, von denen zwei in Kraft getreten sind. Eine, die im Juli 2000 verabschiedet wurde, benannte ein Postamt in Ryans Distrikt um; die andere, die im Dezember 2009 verabschiedet wurde, senkte die Verbrauchssteuer auf Pfeilschäfte. Ryan hat außerdem 975 Gesetze mitfinanziert, von denen 176 verabschiedet wurden. 22 Prozent dieser Gesetzesentwürfe wurden ursprünglich von den Demokraten gesponsert.
Im Jahr 2010 war Ryan Mitglied der überparteilichen Nationalen Kommission für fiskalische Verantwortung und Reform (Bowles-Simpson-Kommission), die mit der Entwicklung eines Plans zur Reduzierung des Bundesdefizits beauftragt war. Er stimmte gegen den Abschlussbericht der Kommission.
Im Jahr 2012 beschuldigte Ryan die obersten Militärführer der Nation, "Rauch und Spiegel" zu benutzen, um unter den vom Kongress verabschiedeten Budgetbeschränkungen zu bleiben. Ryan sagte später, dass er sich in dieser Frage geirrt habe und rief General Martin Dempsey, den Vorsitzenden der Generalstabschefs, an, um sich für seine Äußerungen zu entschuldigen.
Bis Mitte 2012 war Ryan als Teil einer Kongressdelegation sieben Mal ins Ausland gereist.
