Shinya Yamanaka (geboren am 4. September 1962 in Osaka) ist eine japanische Ärztin. Er erhielt zusammen mit John Gurdon den Nobelpreis für Physiologie oder Medizin für 2012. Mit Rudolf Jaenisch gewann er 2011 den Wolf-Preis in Medizin und 2012 zusammen mit Linus Torvalds den Millennium Technology Prize.

Er forscht an adulten Stammzellen. Er ist Direktor des Center for iPS Cell Research and Application und Professor am Institute for Frontier Medical Sciences der Universität Kyoto. Er ist auch leitender Forscher an den der UCSF angegliederten J. David Gladstone-Instituten in San Francisco, Kalifornien, und Professor für Anatomie an der Universität von Kalifornien, San Francisco (UCSF). Yamanaka ist auch der derzeitige Präsident der Internationalen Gesellschaft für Stammzellenforschung (ISSCR).