Kapitel 1
Wenn der Spieler das Spiel zum ersten Mal startet, darf er einen Avatar erstellen. Nachdem er diesen Avatar erstellt hat, wird er gelöscht, wobei dem Spieler gesagt wird, dass "niemand wählen kann, wer er in dieser Welt ist".
Der Spieler beginnt mit der Geschichte als Kris, ein Mensch, der bei seiner Adoptivmutter Toriel, einem Monster, lebt. Toriel setzt Kris an der Schule ab, wo Kris in eine Klasse geht, die von Alphys unterrichtet wird. Kris und Susie, eine Monster-Klassenkameradin, werden geschickt, um Kreide für die Tafel zu holen. Nachdem sie den Vorratsschrank betreten haben, werden beide in die "Dunkle Welt" gezogen. Dort treffen sie auf Ralsei, einen Prinzen der Finsternis, der ihnen erzählt, dass die drei Helden sind, die dazu bestimmt sind, einen Geysir dunkler Energie zu schließen, um das Gleichgewicht in dieser Welt wiederherzustellen. Der König hat jedoch die Kontrolle über die Dunkle Welt an sich gerissen und ist entschlossen, die Dunkelheit zu verbreiten.
Susie beschließt, nicht zu helfen, sie will nur in ihre eigene Welt zurückkehren. Die drei treffen jedoch auf Lancer, den Sohn des Königs, der mit verschiedenen schlecht durchdachten Plänen versucht, sie am Weitergehen zu hindern. Susie beschließt schließlich, sich Lancer anzuschließen und Kris und Ralsei auf sich allein gestellt zu lassen. Als Kris und Ralsei auf dem Weg zum Schloss des Königs sind, freundet sich Susie mit Lancer an, und die vier werden schließlich ein Team. Als ihnen klar wird, dass sie sich dem König stellen müssen, rennt Lancer zum Schloss und befiehlt den Schergen des Königs, Kris, Ralsei und Susie in den Kerker zu werfen.
Susie entkommt aus dem Kerker und konfrontiert Lancer, der erklärt, er wolle verhindern, dass Susie und der König einander wehtun. Susie verspricht Lancer, dass sie dem König nicht wehtun wird. Kris, Susie und Ralsei begeben sich auf die Spitze des Schlosses und kämpfen gegen den König. Schließlich fällt der König vor Erschöpfung zu Boden, und Ralsei heilt ihn. Dies entpuppt sich jedoch als Trick, da der König die drei Helden schnell außer Gefecht setzt und droht, sie alle zu töten. Wenn der Spieler frühere Schlachten nicht durch Kämpfe während des gesamten Spiels beendet hat, hetzt Lancer die Männer des Königs gegen ihn auf und sperrt ihn ein, wobei er den Platz seines Vaters einnimmt. Andernfalls unterwirft Ralsei den König mit einem Zauberspruch.
Die Gruppe schließt den dunklen Geysir, so dass Kris und Susie in ihre eigene Welt zurückkehren können. Dort verabschiedet sich Susie und erwähnt, dass sie wieder in die Dunkle Welt gehen möchte. Der Spieler kann die Stadt erkunden, bevor Kris nach Hause ins Bett geht.
In dieser Nacht schüttelt Kris ohne Zutun der Spieler im Bett, fällt dann auf den Boden und humpelt in die Mitte des Raumes. Kris reißt ihnen die Seele aus der Brust, reißt sie heraus und wirft sie in einen Vogelkäfig in der Ecke des Raumes. Kris zieht ein Messer und wendet sich dem Betrachter zu. Sie lächeln, wobei ihr rechtes Auge rot aufblitzt.
