Ein Fluoreszenzmikroskop ist ein optisches Mikroskop, das Fluoreszenz und Phosphoreszenz verwendet, um organische oder anorganische Substanzen zu untersuchen. Ein "Fluoreszenzmikroskop" ist jedes Mikroskop, das Fluoreszenz zur Herstellung eines Bildes verwendet. Dies gilt unabhängig davon, ob es sich um einen einfacheren Aufbau oder eine kompliziertere Konstruktion handelt.
Die meisten Fluoreszenzmikroskope, insbesondere die in den Biowissenschaften verwendeten, haben das in der Abbildung gezeigte Epifluoreszenz-Design. Licht der Anregungswellenlänge beleuchtet die Probe durch die Objektivlinse. Die von der Probe emittierte Fluoreszenz wird auf den Detektor fokussiert. Der dichroitische Strahlteiler fungiert als wellenlängenspezifischer Filter, der das Fluoreszenzlicht zum Okular oder Detektor durchlässt, das verbleibende Anregungslicht jedoch zurück zur Quelle reflektiert.

