Ein Haplotyp ist ein Begriff aus der Genetik. Er ist die Abkürzung für haploider Genotyp. Ein Haplotyp ist eine Sammlung spezifischer Allele (bestimmte DNA-Sequenzen) in einem Cluster eng miteinander verbundener Gene auf einem Chromosom. Ein Cluster wird normalerweise gemeinsam vererbt. Vereinfacht ausgedrückt ist der Haplotyp eine eng verknüpfte Gruppe von Genen, die ein Kind von einem Elternteil erbt.

Eine zweite Bedeutung des Begriffs Haplotyp ist ein Satz von Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs), die normalerweise zusammen auf einer einzigen Chromatide (eines Chromosomenpaares) gefunden werden. Wenn also einige Allele einer Haplotypsequenz gefunden werden, werden alle anderen Stellen in dieser Region identifiziert. Solche Informationen sind sehr wertvoll für die Untersuchung der Genetik von Volkskrankheiten.

Der Vergleich der Haplotypen von zwei oder mehr Personen zeigt den Grad der genetischen Verwandtschaft zwischen ihren jeweiligen Linien. Er wird in Projekten der genetischen Genealogie durchgeführt.