Das Schiff verließ Ushuaia, Argentinien, am 11. November 2007 zu einer 19-tägigen Kreuzfahrt, die die Route des Entdeckers des 20. Jahrhunderts Ernest Shackleton durch die Drake-Passage (ein Gebiet, das typischerweise stürmisch mit rauer See ist) verfolgen sollte. Nach dem Besuch der Falklandinseln und der Insel Südgeorgien traf die Explorer am 23. November 2007 in der Bransfield-Straße nahe der King-George-Insel im Antarktischen Ozean, nahe den Süd-Shetlandinseln, auf ein nicht identifiziertes Unterwasserobjekt. Das von der Explorer getroffene Objekt verursachte an der Backbordseite (linke Seite) des Schiffes ein 25 × 10 cm großes Loch, durch das Meerwasser in das Schiff eindringen konnte.
Ein Passagier meldete um ca. 03:00 UTC Seewasser in der Kabine. Obwohl einige Berichte darauf hindeuten, dass es keinen merklichen Aufprall oder zumindest nicht mehr als das normale Knirschen des Eises beim Segeln durch eisige Gewässer gegeben habe, heißt es in anderen Berichten, dass es einen lauten Knall gegeben habe. Einige Berichte deuten auch darauf hin, dass das Schiff in einen Eisberg auf der Steuerbordseite der Explorer driftete, während die Besatzung den durch den ursprünglichen Aufprall verursachten Schaden auf der Backbordseite des Schiffes bewertete.
Um 04:24 UTC wurde vom Schiff ein Notruf abgesetzt, und die Rettungseinsätze wurden rasch von der Marine der argentinischen Küstenwache (Prefectura Naval) und dem Such- und Rettungszentrum der chilenischen Marine koordiniert. Chile schickte den Eisbrecher Almirante Viel und nahegelegene Handelsschiffe, darunter die MN Ushuaia, die National Geographic Endeavor und das norwegische Küstenexpressschiff MS Nordnorge, das zu dieser Zeit als Passagierkreuzfahrtschiff im Einsatz war. Um 07:30 UTC verließen alle 91 Passagiere, 9 Reiseführer und 54 Besatzungsmitglieder aus über 14 Ländern das Schiff und begaben sich zu den Rettungsinseln, wo sie drei bis vier Stunden lang trieben, bis sie von dem norwegischen Schiff MS Nordnorge abgeholt wurden, das um 10:00 UTC vor Ort eintraf. Es wird vermutet, dass die Explorer gegen 19:00 UTC sank. Zufälligerweise war die MS Nordnorge Anfang 2007 an einer weiteren Rettung in der Antarktis beteiligt, als sie 294 Passagiere von einem Schwesterschiff, der MS Nordkapp, evakuierte, als die Nordkapp auf der Insel Deception Island auf Grund lief, einem Teil desselben abgelegenen Archipels der Süd-Shetland-Inseln.
Einige der von der Nordnorge geretteten Personen wurden zur chilenischen Eduardo-Frei-Montalva-Station auf der König-George-Insel gebracht. Später wurden sie mit C-130 Hercules-Transportflugzeugen der chilenischen Luftwaffe in zwei getrennten Flügen am Samstag, dem 24. November, und Sonntag, dem 25. November 2007, nach Punta Arenas, Chile, geflogen. Ungefähr 70 der Überlebenden wurden zur uruguayischen Basis Artigas gebracht. Die Explorer sank innerhalb von 20 Stunden nach dem Auftreffen auf ein unbekanntes untergetauchtes Objekt, das als Eis gemeldet wurde.
