Nicht-kodierende DNA-Sequenzen sind jene Teile der DNA eines Organismus, die nicht für Proteinsequenzen kodieren.

Einige nicht-kodierende DNA wird in funktionelle nicht-kodierende RNA-Moleküle transkribiert (z.B. Transfer-RNA, ribosomale RNA und regulatorische RNAs), während andere nicht transkribiert werden oder zu RNA-Transkripten unbekannter Funktion führen. Die Menge an nicht-kodierender DNA variiert stark von Spezies zu Spezies. Zum Beispiel sind über 98% des menschlichen Genoms nicht-kodierende DNA, während nur etwa 2% eines typischen bakteriellen Genoms nicht-kodierende DNA ist.

Ursprünglich hatte ein großer Teil der nicht-kodierenden DNA keine bekannte biologische Funktion. Vor allem in der Presse war sie als "Junk-DNA" bekannt. Es ist jedoch seit Jahren bekannt, dass viele nicht-kodierende Sequenzen funktionell sind. Dazu gehören Gene für funktionelle RNA-Moleküle und DNA-Sequenzen wie "Start Replikation" Signale, Zentromere und Telomere.

Andere nicht-kodierende Sequenzen haben wahrscheinliche, aber noch nicht entdeckte Funktionen. Dies wird aus dem hohen Grad an Sequenzähnlichkeit bei verschiedenen DNA-Arten abgeleitet.

Das Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE)-Projekt schlug im September 2012 vor, dass über 80% der DNA im menschlichen Genom "biochemisch gesehen irgendeinem Zweck dient". Diese Schlussfolgerung wurde von einigen anderen Wissenschaftlern stark kritisiert.