Auch mit den zusätzlichen Schikanen war die Sicherheit auf der Rennstrecke ein Thema. Eine der größten Sorgen war die Hochgeschwindigkeitskurve in Tamburello. Tamburello war sehr holprig und hatte nur sehr wenig Platz zwischen der Strecke und einer Betonwand. Die Mauer schützte einen Bach, der hinter der Kurve verlief. 1987 beim Großen Preis von San Marino hatte Nelson Piquet beim Training in der Kurve einen Unfall. Aufgrund seiner Verletzungen verpasste er das Rennen. Beim Grossen Preis von San Marino 1989 stürzte Gerhard Berger seinen Ferrari in Tamburello, nachdem der Frontflügel gebrochen war. Der Aufprall war so schwer, dass das Monocoque (die Fahrerkabine) aufsprang. Das Auto fing Feuer. Die Feuerwehrleute und das medizinische Personal machten sich schnell an die Arbeit. Wegen der schnellen Reaktion überlebte Berger nur mit Verbrennungen an den Händen. Berger verpasste nur ein Rennen, den Grand Prix von Monaco. Andere Fahrer, darunter Michele Alboreto und Riccardo Patrese, stürzten ebenfalls schwer in der Tamburello-Kurve. Sie kamen ohne schwere Verletzungen davon.
1994 ereigneten sich in Imola drei schwere Unfälle. Beim Freitags-Training am Freitag schlug Rubens Barrichello bei der Variante Bassa gegen den Zaun. Es war ein sehr schwerer Sturz, und er wurde einige Minuten lang bewusstlos geschlagen. Während des Qualifikationstrainings am Samstag stürzte der Österreicher Roland Ratzenberger in der Villeneuve-Kurve. Er prallte fast frontal gegen eine Betonbarriere und zog sich eine sehr schwere Kopfverletzung zu. Er wurde ins Krankenhaus gebracht, starb aber an seinen Verletzungen. Im Rennen am Sonntag traf der dreimalige Weltmeister AyrtonSenna in der Tamburello-Ecke auf eine Betonmauer. Senna war auf der Stelle tot. Bei zwei nicht miteinander in Zusammenhang stehenden Unfällen wurden während des Rennens auch mehrere Zuschauer und Mechaniker verletzt.
Als Reaktion auf die Todesfälle von Ratzenberger und Senna wurden Änderungen vorgenommen, um zu versuchen, die Rennstrecke sicherer zu machen. Die Vollgaskurve in Tamburello wurde in der Geschwindigkeit reduziert. Außerdem wurde sie in eine Links-Rechts-Kehre umgebaut. Zu dem begrenzten Platz an der Außenseite der Kurve wurde eine Kiesfalle hinzugefügt. Die Kurve von Villeneuve wurde ebenfalls verlangsamt und mit einer Kiesfalle versehen. Um etwas vom Charakter der alten Strecke zu bewahren, wurde die langsame Schikane in Acqua Minerale eliminiert. Viele sagen, dass die neue Streckenkonfiguration aufgrund der neuen Schikanen in Tamburello und Villeneuve nicht mehr so gut ist wie früher.
Eine weitere Änderung wurde an der Variante Alta vorgenommen. Die Variante Alta befindet sich auf der Spitze des Hügels, der nach Rivazza hinunterführt. Sie hat den härtesten Bremspunkt auf der Runde. Die Randsteine waren sehr hoch, und die Fahrer haben sie oft getroffen. Dies verursachte oft Schäden an den Autos und führte manchmal zu Unfällen. Vor dem Grand Prix 2006 wurden die Randsteine abgesenkt und die Kurve selbst enger gemacht, um die Geschwindigkeit zu reduzieren.
Einige hatten sich über die schlechte Qualität der Einrichtungen (Gebäude und Arbeitsbereiche) in Imola beklagt. Der Große Preis von San Marino wurde nach 2006 aus der Formel-1-Meisterschaft gestrichen.
