Es gibt auch ein Pokémon-Sammelkartenspiel. Die Spieler verwenden Pokémon-Karten, um gegeneinander zu kämpfen und sie durch das Öffnen von Päckchen einzusammeln. Es gibt auch Live-Turniere, die von Nintendo veranstaltet werden. Der Schaden von Pokémon wird durch "Schadensmarker" oder Objekte gezählt, die auf die Karten gelegt werden, um den Schaden zu verfolgen. Nachdem Sie alle Zahlen auf den Schadenszählern zusammengezählt haben, subtrahieren Sie sie von den HP (Gesundheitspunkten) der Karte, um herauszufinden, wie viele HP noch übrig sind. Im Stapel eines Spielers werden nur 60 Karten verwendet, von denen sechs in einem Stapel namens "Preiskarten" abgelegt werden. Nachdem ein Spieler die Karte eines Gegners ausgespielt hat, nimmt der Verlierer nur eine verdeckte Preiskarte für Nicht-EX-Pokémon. In der Zwischenzeit, wenn jemand ein EX-Pokémon ohnmächtig macht, erhält er oder sie zwei Preiskarten. Für jeden Spieler gibt es einen Ablagestapel, auf den ohnmächtige Pokémon abgelegt werden. Sie können gewinnen, indem Sie alle Ihre Preiskarten nehmen und/oder Ihren Gegner alle seine Karten ziehen lassen.
Es gibt Karten, die als verschiedene Pokémon gestaltet sind, die in der Regel "Energie"-Karten benötigen, um Angriffe auszuführen. Es gibt auch "Trainer"-Karten, die für zusätzliche Dinge außer für direkte Pokémon-Angriffe verwendet werden, z.B. um Pokemon mehr HP zu geben. Die meisten Fans der Serie sind sich einig, dass ein gutes Deck aus etwa zwanzig "Pokémon"-Karten, zwanzig "Energie"-Karten und zwanzig "Trainer"-Karten besteht.
Die Spieler können ihre Benched oder Active Pokémon weiterentwickeln. Die Bank ist ein Ort, an dem Pokémon gehalten werden können, und diese Pokémon können mit ihrer Entwicklungskarte weiterentwickelt werden. Aktive Pokémon können sich ebenfalls weiterentwickeln, können aber auch Angriffe einsetzen. Um ein Pokémon zu entwickeln, kannst du einfach seine Entwicklungskarte darauf legen.
Alle Pokémon-Karten haben Typen. Der Typ beeinflusst, wie effektiv ein Angriff ist. Zum Beispiel kann eine bestimmte Pikachu-Karte vom Typ Blitz einen Angriff verwenden, der normalerweise 80 Schaden verursacht. Wenn der Pikachu sie gegen ein Pokémon mit einer Schwäche von +20 auf "Blitz" einsetzt, addierst du 20 zusätzlichen Schaden zum normalen Schaden, um ihn zu 100 zu machen. Typen können auch weniger effektiv sein.
Es gibt auch eine besondere Art von Pokémon im Sammelkartenspiel, die "EX"-Pokémon. EX- & GX-Pokémon sind stärker als normale Pokémon, aber wenn sie k.o. gehen, zieht der Gegner des Spielers zwei seiner Preiskarten (bei normalen Pokémon ist es nur eine.) Es gibt auch eine andere besondere Art von Pokémon im Sammelkartenspiel, die "Delta-Spezies"-Pokémon, die andere Typen als die typischen Karten haben, wie z.B. einen elektrischen Charmander, der normalerweise vom Typ Feuer ist. In der Erweiterung des "Diamond & Pearl"-Sammelkartenspiels wurden "LV.X"-Karten eingeführt. Diese ähneln ein wenig den Evolutionskarten, aber sie können nur bei aktiven Pokémon verwendet werden. In der Erweiterung "HeartGold & SoulSilver" brachte The Pokémon Company neue Karten heraus, die sogenannten LEGEND-Karten. LEGEND-Karten sind zwei getrennt verkaufte Karten, die zusammen ein Bild ergeben. Sie können nur verwendet werden, wenn die beiden Karten, aus denen sie bestehen, zusammengesetzt sind; sie können nicht getrennt voneinander funktionieren.