In einem Putsch im Oktober 1965 übernahm die Armee die Macht, nachdem sie fälschlicherweise behauptet hatte, die Ermordung mehrerer hochrangiger Generäle sei von der Kommunistischen Partei Indonesiens organisiert worden. Dies war der Beginn von Suhartos Neuer Ordnung. Diese Regierung war gewaltsam antikommunistisch. Pramoedya war Leiter der People's Cultural Organisation, einer literarischen Gruppe, die mit der Kommunistischen Partei Indonesiens verbunden war. Daher nannte ihn das Regime der Neuen Ordnung einen Kommunisten und Staatsfeind. Während der gewaltsamen antikommunistischen Säuberung in den Jahren 1965-66 wurde Pramoedya von der Regierung Suharto verhaftet, geschlagen und inhaftiert. Er wurde zum politischen Gefangenen ernannt. Seine Bücher wurden verboten, und er wurde ohne Gerichtsverfahren inhaftiert, zunächst in Nusa Kambangan vor der Südküste Javas und dann in der Strafkolonie Buru auf den östlichen Inseln des indonesischen Archipels. .
Während seiner Gefangenschaft auf der Insel Buru wurde ihm das Schreiben verboten. Aber er schuf seine bekannteste Werkreihe, das Buru-Quartett. Es ist eine Serie von vier historischen Romanen, die von der Entwicklung des indonesischen Nationalismus erzählen. Die Bücher basieren zum Teil auf seinen eigenen Erfahrungen beim Aufwachsen. Die englischen Titel der Bücher sind: Diese Erde der Menschheit, Kind aller Völker, Schritte und Haus aus Glas. Die Hauptfigur der Reihe heißt Minke. Er ist ein unbedeutender javanischer Königlicher. Die Figur ähnelt einem indonesischen Journalisten namens Tirto Adhi Surjo. Er war in der nationalistischen Bewegung aktiv.
Dem Quartett gehören starke weibliche Charaktere indonesischer und chinesischer Ethnizität an. Die Bücher zeigen, wie schwer es für diese Menschen war, unter der Kolonialherrschaft zu leben. Sie erlebten rassistische Diskriminierung und Angriffe. Sie kämpften für persönliche und nationale politische Unabhängigkeit. Diese Bücher sind typisch für einen Großteil von Pramoedyas Schriften. Sie erzählen persönliche Geschichten und konzentrieren sich auf Personen, die in den Bewegungen der Geschichte einer Nation gefangen waren.
Pramoedya hatte für die Bücher recherchiert, bevor er in das Gefangenenlager Buru geschickt wurde. Als er verhaftet wurde, wurde seine Bibliothek verbrannt, und ein Großteil seiner Sammlung und seiner frühen Schriften ging verloren. Auf der Gefängniskolonie-Insel Buru war es ihm nicht einmal erlaubt, einen Bleistift zu besitzen. Pramoedya dachte, dass er jemals in der Lage sein würde, die Romane auf Papier zu schreiben. Er erzählte die Geschichten der Romane seinen Mitgefangenen. Andere Gefangene hörten sich die Geschichten an und halfen ihm dann. Sie leisteten zusätzliche Arbeit, so dass Pramoedya nicht so viel arbeiten musste. So konnte er schließlich die Romane niederschreiben. Die letzten Bücher erhielten ihren Namen "Buru-Quartett" von dem Gefängnis, in dem er sie schuf. Sie wurden gesammelt und in englischer Sprache veröffentlicht. Maxwell Lane übersetzte sie. Sie sind auch in vielen anderen Sprachen erschienen. Bis 2005 wurden sie in 33 Sprachen veröffentlicht (BIWP). Viele Menschen außerhalb Indonesiens sind jedoch der Meinung, dass diese Bücher ausgezeichnet sind. Sie haben viele Preise gewonnen. Aber die indonesische Regierung hat die Veröffentlichung in Indonesien verboten. So war es fast unmöglich, in einem der berühmtesten literarischen Werke Indonesiens die Menschen des Landes zu finden, deren Geschichte es behandelt. Die Indonesier im Ausland scannten Kopien ein und gaben sie im Internet an die Menschen im Land weiter.
Pramoedya erkannte in seinen Arbeiten über das koloniale Indonesien die Bedeutung des Islam als Vehikel für den Volkswiderstand gegen die Niederländer an. Seine Werke handeln nicht von Religion und haben keine klaren religiösen Themen. Er wandte sich gegen Menschen, die die Religion dazu benutzten, um das Denken der Menschen zu kontrollieren. Manchmal schrieb er negativ über die religiös Frommen.