Bonya wurde in Dhaka, Bangladesch, geboren. Sie schloss ihr Grundstudium in Informatik an der Minnesota State University in Mankato ab.
Bonya traf Avijit durch ihr Schreiben auf Mukto-Mona, der ersten von Avijit gegründeten Online-Plattform für bengalisch sprechende Freidenker, Atheisten und säkulare Blogger und Schriftsteller. Diese Gruppe startete die erste Feier des Darwin-Tages in Bangladesch. Mukto-Mona wurde 2015 international anerkannt und erhielt den Preis der BOBS-Jury. Bonya schrieb eines der ersten populärwissenschaftlichen Bücher in Bangladesch über die biologische Evolution mit dem Titel Bibortoner Path Dhore ("Entlang des Evolutionspfades", 2007). Sie ist eine der Moderatorinnen von Mukto-Mona.
Bonya hat eine Tochter, Trisha Ahmed, aus ihrer ersten Ehe. Trisha schrieb mit ihrem Stiefvater Avijit einen Artikel für das Magazin Free Inquiry über inhaftierte säkularistische Blogger. Bei Ahmed wurde Schilddrüsenkrebs diagnostiziert.
Bonya entschied sich nach dem Angriff auf sie und Avijit für eine Beurlaubung von ihrer Arbeit als leitende Direktorin in einem Kreditbüro in den USA. Sie begann, mit den humanistischen Vereinigungen in Europa und den USA zusammenzuarbeiten, um auf die Angriffe islamischer Fundamentalisten auf die säkularen Intellektuellen in Bangladesch aufmerksam zu machen. Gegenwärtig forscht sie als Gastwissenschaftlerin an der University of Texas, Austin, über islamischen Fundamentalismus. Eine Woche nach dem Tod ihres Mannes begann Bonya, sich mit humanistischen Vereinigungen in Europa zu treffen und daran zu arbeiten, andere Aktivisten aus Bangladesch herauszuholen, bevor sie getötet werden konnten.
Im Jahr 2016 erhielt Bonya den "Forward"-Preis der Freedom From Religion Foundation. Sie ist Mitglied der Jury des "The BOBS Best of Online Activism Award" der Deutschen Welle.
