Das Land rund um den See ist die Heimat des Thao-Stammes. Sie sind ein Ureinwohnervolk. Der Legende nach entdeckten die Thao-Jäger den Sonne-Mond-See, nachdem sie einen Hirsch gejagt hatten. Der Hirsch führte sie zu dem See. Sie fanden heraus, dass der See wunderschön war und viele Fische hatte. Eine Insel in der Mitte des Sees gilt als Ort der Verehrung des Thao-Volkes.
In der Vergangenheit wurde der See Candidius-See genannt. Benannt wurde er nach dem Missionar Georgius Candidius. Der See wurde erstmals 1821 in einem Buch mit dem Titel Reisen nach Shueilishe von Deng Chuan-an als Sonne-Mond-See bezeichnet. In der Qing-Dynastie begannen Chinesen, in die Gegend um den Sonnenmondsee zu ziehen. Viele Menschen wollten dort Restaurants, Hotels und Geschäfte eröffnen.
Als Taiwan von Japan regiert wurde, gab es viele Veränderungen. Die ersten Kraftwerke wurden 1934 gebaut. Es wurde 15 Jahre lang gebaut, und das Projekt begann 1919. Die Eisenbahnstrecke der Jiji-Linie wurde gebaut, um den Bau der Kraftwerke zu unterstützen. Die Insel Lalu wurde in "Jadeinsel" umbenannt. Die Japaner bauten 1931 einen großen Damm, der den See wesentlich größer machte. 1946 benannte die neue chinesische Regierung den See in "Kuanghua-Insel" um. Der Name blieb bis zum Erdbeben von 921 im Jahr 1999, das die Insel beschädigte, in dieser Form erhalten. Nach dem Erdbeben wurde die Insel in "Lalu-Insel" umbenannt. Sie wurde umbenannt, weil die taiwanesische Regierung zur Erhaltung der thailändischen Kultur beitragen wollte.
1967 wurde ein Kulturzentrum für die Aborigines gegründet, um zur Erhaltung der thailändischen Kultur beizutragen. Im Jahr 1975 wurde das Zentrum eröffnet. 1990 drehte sich im Wasser eine Yacht auf den Kopf. Dabei kamen 57 Menschen ums Leben. Nur 25 Menschen überlebten. Im Jahr 2012 wurde ein Bild des Sonne-Mond-Sees in den Pässen der VolksrepublikChina verwendet. Es machte die taiwanesische Regierung wütend, weil sie sagt, dass Taiwan und der Sonnenmondsee nicht zur Volksrepublik China gehören.