Chris Martin, der Sänger von Coldplay, sagte, dass die Inspiration zum Schreiben von "Trouble" von seinem eigenen Verhalten ausging. Martin sagte, dass "in unserer Band einige schlimme Dinge vor sich gingen ... in dem Song geht es darum, sich gegenüber jemandem, den man wirklich liebt, schlecht zu verhalten, und das habe ich sicherlich bei einigen Bandmitgliedern getan". Die vier Mitglieder von Coldplay gelten als die Co-Autoren von "Trouble". Aber es basierte auf Martins Idee.
Der britische Plattenproduzent Ken Nelson und die Band produzierten "Trouble" für ihr erstes Album "Parachutes". Der Song wurde vier Mal aufgenommen, bevor die Band die Aufnahme erhielt, die ihr am besten gefiel. Die Band entschied, dass die ersten drei Versionen nicht "funktionierten". Der letzte Take wurde mit einem Shaker in Pro Tools aufgenommen. Dies geschah, um dem Titel den Rhythmus zu geben. Für den Backing-Track spielte Will Champion Schlagzeug und Martin spielte Klavier. Die Aufnahme fand in einem kleinen Holzraum statt. Guy Berryman nahm den Bass auf und dann fügte der Gitarrist Jonny Buckland den Gitarrenteil hinzu. Bei der Aufnahme des Klavierteils des Tracks verwendete die Band zwei Mikrofone. Nelson, der den Song einfach halten wollte, wählte für die Mischung das Mikrofon, das einen volleren Klang hatte.
"Trouble" wurde in New York von dem amerikanischen Mischtechniker Michael Brauer gemischt. Die erste abgemischte Version wurde an die Band und Nelson zurückgeschickt. Sie war jedoch nicht so gut, wie sie wollten und musste erneut gemischt werden. Nelson fand einige Probleme in der Version. Trotzdem gab er Brauer nicht die Schuld, weil er beim Abmischen nicht anwesend war. Das lag daran, dass sie zu dieser Zeit das Album aufnahmen.
