Die Band und Nelson produzierten das Stück. Nelson wurde durch den Bandmanager in die Musik der Band eingeführt. Nelsons Manager gab ihm eine Kopie einer EP und einer Single von Coldplay. Nelson wollte sie bearbeiten, nachdem er die Band live gesehen hatte. "Yellow" wurde zuerst oben im Projektstudio aufgenommen. Dies war ein Demoraum in den Parr Street Studios in Liverpool.
Nelson und die Band hatten einige Probleme, als sie einige Teile des Liedes machten. Champion sagte, dass "... es wirklich schwierig war, es aufzunehmen, weil es bei etwa fünf oder sechs verschiedenen Tempi funktionierte. Es war eine schwierige Entscheidung, welches Tempo man wählen sollte, denn manchmal klang es zu hastig, und manchmal klang es, als ob es sich schleppend anhörte..." Die Band versuchte, das richtige Tempo zu finden, so Nelson, "weil ein Beat auf beiden Seiten des von uns gewählten Tempos nicht den gleichen Groove hatte". Um das Lied zu verbessern, nahmen sie diesen Teil live auf, und Buckland überspielte seine Gitarre. Sie nahmen ihn zwei- oder dreimal auf, bis Nelson und die Band mit dem Ergebnis zufrieden waren. Die Band nahm den Background-Gesang im Kontrollraum von Quadrangle auf.
Nelson verwendete ein Analogband, um die meisten Titel des Albums aufzunehmen. Im weiteren Verlauf der Aufnahme war "Yellow" eines von ein paar Liedern, die sie "nicht ganz analog aufnehmen konnten". Sie nahmen verschiedene Versionen auf, aber sie entsprachen nicht ihrem Geschmack. Also benutzte Nelson Pro Tools, "um das Gefühl zu bekommen, dass [der Titel] genau richtig ist". Nachdem alle Takes im Computer aufgenommen worden waren, "haben wir sie dann auf 2 Zoll heruntergerechnet, was ich für eine großartige Möglichkeit hielt", so Nelson.