Nach dem Angriff gaben die Vereinigten Staaten der Al-Qaida die Schuld, die die USA für eine terroristische Gruppe hielten. Präsident George W. Bush sagte, er werde einen "Krieg gegen den Terror" beginnen. Er meinte, dass die Vereinigten Staaten in Zukunft mehr Dinge tun würden, um den Terrorismus zu stoppen. Bush sagte, dies sei dazu gedacht, die Amerikaner und ihr Eigentum vor Terroristen zu schützen. Zum Beispiel würde die amerikanische Regierung umorganisiert werden. Die Sicherheit und Kontrolle an öffentlichen Orten werde verstärkt, vor allem auf Flughäfen. Den Amerikanern wurde jeden Tag gesagt, ob eine ernsthafte Bedrohung durch den Terrorismus bestehe. (Dies geschah durch die Angabe einer Farbe für den Tag. Rot bedeutete, dass ein hohes Risiko bestand, Grün bedeutete ein geringes Risiko, und es gab viele Stufen dazwischen).
Der Krieg gegen den Terror führte auch zu echten Kriegen. Der Führer von Al-Qaida, Osama bin Laden, lebte im Islamischen Emirat Afghanistan. Die Vereinigten Staaten forderten die Regierung Afghanistans, die Taliban, auf, bin Laden an sie auszuliefern. Die Taliban würden dies nicht tun. Der Führer der Taliban, Mullah Muhammad Omar, verlangte Beweise von der Regierung der Vereinigten Staaten. Sollte dieser Beweis nicht erbracht werden, sagte Mullah Omar, dass er Bin Laden nicht ausliefern werde. Präsident George W. Bush sagte, er brauche keine Beweise zu erbringen. Daraufhin zogen die Vereinigten Staaten in den Krieg gegen Afghanistan. Die Taliban wurden von der Macht entfernt, eine neue Regierung wurde an die Macht gebracht, und das afghanische Volk wählte einen neuen Präsidenten.
Während dies geschah, änderte sich die Regierung der Vereinigten Staaten in mancherlei Hinsicht. Das Verkehrsministerium der Vereinigten Staaten (DOT) rief die Transportation Security Administration (TSA) ins Leben. Vor 9/11 wurde die Sicherheit auf amerikanischen Flughäfen von den Fluggesellschaften gewährleistet. Die TSA machte es zur Aufgabe der Regierung, für die Sicherheit auf den Flughäfen zu sorgen. Neue Beamte wurden von der TSA eingestellt, um auf Flughäfen zu arbeiten und als Air Marshals in Flugzeugen zu fliegen. Die TSA sorgt auch für die Sicherheit in amerikanischen Zügen und U-Bahnen. Außerdem wurde ein neues Heimatschutzministerium geschaffen. Es wurde ihre Aufgabe, die Amerikaner und ihr Eigentum innerhalb der Vereinigten Staaten zu schützen. Als diese Abteilung geschaffen wurde, wechselte die TSA vom US-Verkehrsministerium zur Homeland Security.
Nach dem Sieg über die Taliban war Präsident George W. Bush der Meinung, die USA sollten im Irak einmarschieren. Er glaubte, dass der Irak terroristischen Gruppen, darunter auch al-Qaida, half. Er sagte, er habe Beweise dafür, dass der Irak auch Massenvernichtungswaffen herstelle. Er schickte Außenminister Colin Powell zu den Vereinten Nationen, um ihnen einige dieser Beweise zu zeigen. Im März 2003 begannen die Vereinigten Staaten mit ihrer Invasion im Irak. (Vier weitere Länder nahmen ebenfalls daran teil, darunter das Vereinigte Königreich, Australien, Polen und Dänemark). Die Regierung des Irak wurde gestürzt, und das irakische Volk wählte eine neue Regierung. Im Irak wurden keine Massenvernichtungswaffen gefunden.
Am 2. Mai 2011 töteten die United States Navy SEALs neben anderen Terroranschlägen auch den Al-Qaida-Führer Osama bin Laden, der die Anschläge vom 11. September 2001 angeführt hatte.