Ein Schwarzwasserfluss ist ein Fluss mit einem tiefen, sich langsam bewegenden Kanal, der durch bewaldete Sümpfe oder Feuchtgebiete fließt. Seine Farbe wird durch die zerfallende Vegetation verursacht. Beim Zerfall der Vegetation sickern Gerbstoffe in das Wasser, wodurch ein transparentes, saures Wasser entsteht, das dunkel gefärbt ist und wie Tee oder Kaffee aussieht.

Die meisten Flüsse im Amazonasbecken und im Süden der Vereinigten Staaten sind Schwarzwasserflüsse. Nicht alle dunklen Flüsse sind Schwarzwasser in diesem technischen Sinne. Einige Flüsse in gemäßigten Regionen, die Gebiete mit dunkler schwarzer Erde entwässern oder durch sie fließen, sind aufgrund der Farbe des Bodens schwarz. Diese Flüsse sind schwarze Schlammflüsse oder Flussmündungen.

Schwarzwasserflüsse sind nährstoffärmer als Wildwasserflüsse und haben eine höhere Ionenkonzentration als Regenwasser. Die einzigartigen Bedingungen führen zu einer Flora und Fauna, die sich sowohl von Wildwasser- als auch von Klarwasserflüssen unterscheidet.

Die Klassifizierung der Amazonasflüsse in schwarzes, klares und weißes Wasser wurde erstmals 1853 von Alfred Russel Wallace vorgeschlagen.