Happy Feet spielt in einer Kaiserpinguinkolonie, wo jeder Pinguin ein Lied namens "Herzenslied" singen muss, um einen Partner zu finden. Zwei Pinguine, Norma Jean und Memphis, werden durch ihre Lieder voneinander angezogen und gründen eine Familie. Während Norma Jean im Ozean fischt, bleibt Memphis mit dem Ei zurück, und er lässt es versehentlich auf das Eis fallen, wodurch es den kalten Temperaturen der Antarktis ausgesetzt wird. Das junge Pinguinküken, das aus diesem Ei schlüpft, hat eine schreckliche Singstimme und stellt später fest, dass es kein "Herzenslied" hat. Er hat jedoch ein Talent für Stepptanz.
Während Mumbles Mutter, Norma Jean, diese kleine Angewohnheit niedlich findet, sagt sein Vater, Memphis, es sei "einfach kein Pinguin". Außerdem wissen beide, dass Mumble ohne ein "Herzenslied" vielleicht nie die wahre Liebe finden wird. Wie es das Schicksal so will, ist seine einzige Freundin Gloria zufällig die beste Sängerin, die es gibt. Mumble und Gloria haben eine Verbindung von dem Moment an, in dem sie schlüpfen, aber sie kämpft mit seiner seltsamen "Hippity-Hopity"-Weise. Mumble ist einfach zu anders; besonders für Noah den Älteren, den strengen Führer der Kolonie, der ihn schließlich aus der Gemeinschaft verstößt.
Als Mumble zum ersten Mal von zu Hause weg ist, trifft er auf eine Gruppe verschiedener Pinguine - die Adelie Amigos. Unter der Leitung von Ramón akzeptieren die Adelies sofort Mumbles Stepptanz-Fähigkeiten und laden ihn ein, mit ihnen zu feiern. Im Haus der Adelies sucht Mumble den Rat von Lovelace, dem Guru, einem Rockhopper-Pinguin, der behauptet, er würde für den Preis eines Kieselsteins alle Fragen des Lebens beantworten. In ihrem Gespräch erwähnt Lovelace "Außerirdische", die Mumble interessieren, als er auf einem Gletscher ein gefrorenes Fahrzeug findet. Er beschließt, die "Außerirdischen" zu finden.
Als Mumble und seine Freunde nach Hause zurückkehren, steht Gloria im Mittelpunkt der Aufmerksamkeit, da ihr "Herzenslied" für die anderen Pinguine sehr attraktiv ist. Sie interessiert sich jedoch nicht für die "Herzenslieder" der anderen Männchen, sondern ist begeistert, als Mumble sie dazu überredet, im Takt seines Stepptanzrhythmus zu singen. Die anderen Pinguine werden interessiert und beginnen zu tanzen. Doch Noah der Ältere ist der Ansicht, dass der neuerliche Mangel an Fisch, der Hauptnahrung der Pinguine, eine Strafe ihres Gottes ist, um sie dafür zu bestrafen, dass sie Mumble das Tanzen erlaubt haben. Deshalb vertreibt er Mumble aus der Kolonie, aber bevor er die Kolonie verlässt, sagt Mumbles ihnen, dass er die wahre Ursache der Hungersnot finden wird.
Mit Lovelace und den Amigos reist Mumble viele Meilen und durch viele Hindernisse, zu denen auch ein Angriff von Killerwalen gehört. Schließlich sehen sie eine große Anzahl kommerzieller Trawler, Schiffe, die in den antarktischen Gewässern fischen, und Mumble folgt ihnen. Schließlich wird er gefangen und in einer Ausstellung in einem Meerespark ausgestellt. Er versucht, mit den "Außerirdischen" (Menschen), die ihn umgeben, zu kommunizieren, scheitert aber. Nachdem er durch die Gefangenschaft fast verrückt geworden ist, klopft ein kleines Kind auf das Glas seines Geheges. Mumble ist aufgeregt und beginnt mit dem Stepptanz. Nachdem sich eine große Menschenmenge versammelt hat, um ihn zu beobachten, wird er mit einem Peilsender wieder in die Wildnis entlassen und führt die Menschen zurück zu seiner Kolonie.
Später trifft ein Forschungsteam ein, um die Pinguine zu untersuchen, und die Menschen entdecken, dass sie den Ozean überfischen, was zu einem Mangel an Fischen geführt hatte. Der Fischfang in der Antarktis wird verboten, und die Fischpopulation kehrt zurück und gedeiht. Am Ende werden die Kaiser und Amigos beim Tanzen und Feiern gezeigt.
